基因家族后续分析
1.手动确认结构域；
SMART：http://www.omicsclass.com/article/681
NCBI CDD：http://www.omicsclass.com/article/310
蛋白分子量分析：ExPASy (http://web.expasy.org/protparam/)
2.blast鉴定基因家族分析
（适用于研究基因家族没有PFam号的情况）（可选分析，根据自己基因家族特点是否选择）
Blastall使用参数详细说明：http://www.omicsclass.com/article/504
Blast m8格式输出结果说明：http://www.omicsclass.com/article/505
3.进化树分析
3.1 基因蛋白结构域构建进化树
3.2 基因蛋白全长构建进化树
Evolview进化树美化：http://www.omicsclass.com/article/671
attachments-2019-02-RbUXm4HJ5c661bede4e37.jpg
ITOL进化树美化：https://itol.embl.de/
itol编辑进化树枝颜色（分组）： http://www.omicsclass.com/article/448 ； 查看node id： http://www.omicsclass.com/article/433；
添加背景颜色：http://www.omicsclass.com/article/343
4.MEME 搜索基因motif分析
Motif序列信息查看：http://www.omicsclass.com/article/432
获取motif图片：http://www.omicsclass.com/article/67
5.基因结构分析，外显子内含子等
GSDS网址：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/
GSDS绘图参考：http://www.omicsclass.com/article/63
6.基因结构+进化树+motif绘图
TBtools绘图参考：http://www.omicsclass.com/article/382
基因定位到染色体
MapGene2Chrom web v2绘图：http://mg2c.iask.in/
Mapchart绘图参考：http://www.omicsclass.com/article/397
7.mcscanX共线性分析
7.1 基因组内共线性分析
基因组内共线性分析参考：http://www.omicsclass.com/article/275
提取基因家族串联重复脚本：http://www.omicsclass.com/article/399
7.2 基因组间共线性分析
物种之间共线性分析参考：http://www.omicsclass.com/article/284
这部分已经安装成功：
安装python版本的MCScanX：https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)
sudo /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/pip install jcvi
sudo /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/pip install scipy
8.结合转录组分析
1.GEO数据库：
数据下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE121407
绘制热图在线工具：http://www.heatmapper.ca/
meV工具绘制热图：http://www.omicsclass.com/article/263 ；修改颜色：http://www.omicsclass.com/article/437
2.SRA高通量二代测序数据，数据库下载数据方法，需要做转录组分析：
http://www.omicsclass.com/article/53
9.基因顺势作用原件分析
Plant CARE 地址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/，这个网站的优点就是很多文章使用，可以引用
PLACE：https://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?sid=&lang=en&pj=640&action=page&page=newplace 它的优点是每次可以输入20条序列，出结果的速度也比Plant CARE 快。
提取顺势作用原件，可利用GSDS绘图
作者：喜欢吃土豆的彭某人
链接：https://www.jianshu.com/p/ec7683e4fb30
来源：简书
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