有关基因组大小的单位换算
2021-01-29 本文已影响0人
明明_0309
原先一直以为测序的bp和byte是等价的，原来对fastq来说，其实：
利用
(公式要怎么换行啊？)
举例：
如果测序reads总量4,000,000，average read length为150bp，基因组大小是50M，估算基因组coverage/depth大小？
应该是，
总长 4,000,000x150 bp=600,000,000 bp /4=150,000,000 BT=150M
但其实fastq格式储存的数据大小要比实际的数据量虚高一些，所以实际的fastq文件要大。
coverage=测序数据大小150M/基因组大小50M = 3
结语：
熟知单位换算对预测测序结果提前估量有一定的帮助，当测序结果未达到要求时，可以合理要求测序公司对不符合的样本重新上机测序。有关问题欢迎一起来探讨啊
参考：
Base vs Byte: Estimating the storage requirement of sequencing - SEQOME
