如何使用Circos-4： Links and Relation

说明，该系列原文写于2016年3月。

这一部分简单介绍links的基础配置，我们使用的文件依旧是 如何使用Circos（3）：tick and ideogram 简单配置 ** 中的文件，只是在circos.conf中加入和links相关的内容。故如何使用Circos（3）：tick and ideogram 简单配置 **中给出的代码在此部分不再重复。

例1： links 模块

# 如前所述，Links的相关参数被定义在 circos.conf配置文件中的 <links>模块，而<links>模块又包含众多 <link> 单元.
# 在这个例子中，使用了片段重复数据，数据中包含了相似性大于90%且长度大于1kb的片段。

<links>

<link>
#一般特征设置

file = data/5/segdup.txt
#引用原始文件的位置

radius = 0.8r
#改变link的起始位置，如果有特殊要求可以放在<rules>里。调整为0.5r后的效果example4文件夹中图circos1.png

bezier_radius = 0r
#贝塞尔曲率半径，改变连线的曲率。
#改为0.3后的效果可以在circos2.png查看。
#多数情况下默认为0即可。

color = black_a4
#"_a4"代表透明度，会在后续介绍和颜色相关的内容中提到"

thickness = 2

#在处理很多需要筛选的内容时，会用到<rule>这一类区块，里面可以设置相关规则，使得某些数据得已体现或者不予体现。
# <rule> 的内容可以出现在任意的<link> 或者 <plot> block 中并通过形成一个decision chain 来改变数据的显示 (在柱状图或者散点图中都可以使用) 。

<rules>
#<rules>下可以有多个<rule>来设定不同的规则。
<rule>
# 每一个rule都包含条件,格式语句和一个可选的 'flow' statement。
#如果条件为真，rule就会生效，其他的rules就不再起作用(但是flow=continue时除外)。
#如果条件为假，则检查下一个rule。
# var(X) 中变量X代表数据点。在此例中'intrachr' 代表 intra-chromosomal染色体内部.

condition = var(intrachr)
# 任何染色体内部的 links 都不会被展示，后面的其他rules也不会生效。
show = no

</rule>

<rule>
# This rule is applied to all remaining links, since its condition is always true.

condition = 1
#所有条件下都适用时令condition =1

color = var(chr2)
#所有links的颜色都是第二条染色体的颜色，也就是结束一端的颜色。
#注意：如果写成color = var(chr2)那所有的线就是都是2号染色体的颜色了。

flow = continue
#应用完这一条规则后继续下一个
</rule>

<rule>
# 如果links从第一条染色体开始
condition = from(hs1)
# 那么开始的位置就要更加接近于起始的1号染色体，区别于全局设置radius = 0.8r
radius1 = 0.99r
</rule>

<rule>
# 如果links从第一条染色体开始
condition = to(hs1)

# 那么结束的位置就要更加接近于结束位置的1号染色体，区别于全局设置radius = 0.8r
# 'radius2' (like chr2, start2, end2) refers to the variable 'radius' of the end of the link.

radius2 = 0.99r
# 'radius2'代表link变量'radius'的结束位置

</rule>
</rules>
</link>
</links>

图例

---

加入靠谱熊基地，和大家一起交流