常用Gene ID 转换工具的用法

今天再为大家介绍3个gene id转换工具，希望除了biomart之外还可以有”备胎”可用。

UniPort

关于UniPort数据库的介绍，可参考《听说画好看的进化树需要知道这2个数据库》一文，我们这里用到它的Retrieve/ID mapping工具，如下。

它可以实现UniPort数据库ID与其他类型ID的互转，这里将GeneID 转为UniPort数据库的ID，如下图。

得到的结果（部分）如下，你可下载对应的蛋白序列文件和下图的转换表格(Mapping Table，可以文本编辑期打开)。

相反，你也可以把Uniportid转成其他类型id，如下：

工具链接：

https://www.uniprot.org/

g:profiler

如果我想把refseqmRNA id转成Esemble id，只需要把目的基因列表粘贴到Query列表中，选择相应的物种和目标gene id类型（这里选择Human和ENSG）即可，纯数值的geneid (Numeric IDs)可不做处理。

点Runquery按钮之后，数秒后就在页面下方展示转换结果：

该工具是由omicshare论坛的吴同学分享，这个工具可供选择的物种还是很多的，如下：

工具链接：

https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert

bioDBnet

bioDBnet这个工具的功能还是比较丰富的，整合了大量的生物数据库包括Gene, UniProt, Ensembl, GO, Affy, RefSeq等。可以使用db2db转换gene id、dbReport查看gene信息、dbOrtho转换为同源gene的id等。

不同小工具的用法大致类似，以db2db为例，我想把UniPort id转成UniPort entry name, 粘贴gene id list，选择相应的输入输出id后（这里限定物种不拓展到其他的亚种、株系等），点击提交按钮即可，方法如下图。

关于物种的分类ID，为了更准确快速进行gene id转换，也可以填写相应物种的分类ID，如人的Taxon ID为9606、拟南芥为的TaxonID为3702等。Taxon ID可通过点Taxon ID查找，若找不到的也可到NCBI查找（如下）。

转换的结果如下：

工具链接：

https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/

原创： 莫北

来源: 基迪奥生物微信公众号