《微生物组学与精准医学》（赵立平 等 著） 上海交通大学出版社 2017.12
前言中提到了一个很有引领性的框架，即：
肠道菌群为代表的微生物组与慢性病的关系研究的“科赫法则”框架，内容简述如下：
1.鉴定：所有肠道菌群中与疾病发生、发展呈正相关、负相关的细菌种类 ------> 2.分离培养：与疾病相关的单菌株或者组合菌群 ------> 3.接种：在无菌的动物肠道内，构建动物模型，复制疾病的症状 ------> 4.深入研究：细菌如何影响疾病发生、发展的分子机制，定植后，什么条件，产生什么生物活性分子，与那类型动物细胞表面的什么分子结合，启动何种分子信号转导通路，调控那些宿主基因表达，最终对疾病的症状的影响（减轻或者加重）。
本书分上下两篇，共28章。
上篇为基础与进展研究，分14章，主要介绍微生物组的概念以及组成特征；微生物组的策略、方法与数据库；微生物组与代谢性疾病、肿瘤、神经精神疾病、口腔疾病等的关系；微生物组理论和应用研究在中医药现代化以及粪菌移植体系中的应用等。
下篇为肠道微生物组学与健康关系研究的一些典型案例，注重介绍研究的设计思路、主要的研究方法和结果，每章自成一体，共计14章。
上篇 基础与进展
第一章 人体微生物组概述
第二章 研究微生物组与疾病关系的策略与方法
第三章 微生物组学数据库和工具资源
第四章 宏基因组单核酸多态性模式与疾病的精准诊疗
第五章 微生物组与代谢性疾病
第六章 微生物组与肿瘤
第七章 微生物组与神经精神疾病
第八章 微生物组与孤独症谱系障碍
第九章 口腔微生物组与精准医学
第十章 肠道微生物组和化学污染物的相互作用
第十一章 微生物组与膳食营养
第十二章 微生物组与中医药现代化
第十三章 人体粪便类药物及临床应用
第十四章 粪菌移植体系
下篇
第十五章 原基因组与代谢组结合解析肠道菌群对健康的贡献
第十六章 健康人肠道菌群的多样性分布与核心功能种属
第十七章 肠道菌群结构变化与结直肠癌发生发展的关系
第十八章 以肠道菌群为靶点的代谢综合征膳食干预
第十九章 营养干预调控肠道菌群，改善小胖威利综合征患儿代谢失调
第二十章 肠道菌群对膳食干预在菌株水平的响应
第二十一章 一株阴沟肠杆菌在人体代谢综合征中的作用
第二十二章 小鼠代谢综合征发生、发展中肠道菌群、宿主基因和膳食的相互作用
第二十三章 全生命周期节食改善小鼠肠道菌群
第二十四章 不同益生菌对高脂饮食诱导的肥胖小鼠的代谢综合征和肠道菌群的影响
第二十五章 一株丁酸盐产生菌的分离、鉴定及其加重葡聚糖硫酸钠诱导的小鼠肠炎的研究
第二十六章 中药复方葛根芩连汤对2型糖尿病的治疗作用及其与肠道菌群结构的关系
第二十七章 小檗碱预防和治疗大鼠代谢性疾病及其对肠道菌群的调节作用
第二十八章 高负荷膳食纤维选择性富集出的肠道细菌可改善2型糖尿病
