Bowtie不支持输入文件为压缩格式？

刚开始装了1.0.0版本，发现提示错误:

Error: reads file does not look like a FASTQ file
terminate called after throwing an instance of 'int'

难道bowtie不支持fq.gz文件输入？于是将输入文件解压后在输入发现没有报错。
但是解压后文件太大，于是装了1.2.3，发现还是报错。
看网上说1.2.1是支持的，于是创建新环境，装了1.2.2，发现可以输入压缩文件。

conda create --name bowtie python=2.7
conda activate bowtie
conda install -c bioconda bowtie=1.2.2
conda install -c bioconda samtools=1.11

奇怪的是，原环境里的1.2.3版本也可以正常使用了。