工具 | 生物信息学主要数据库与分析工具

2022-08-25 本文已影响0人 shwzhao

来自【樊龙江《生物信息学》第二版】附录2。

一、重要门户网站和主要分子数据库

重要门户网站
美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information, NCBI），www.ncbi.nlm.nih.gov/
欧洲生物信息学研究所/欧洲分子生物学实验室（European Bioinformatics Institute, EBI）/（European Molecular Biology Laboratory, EMBL），www.ebi.ac.uk
中国国家基因组科学数据中心（National Genomics Data Center, NGDC），https://bigd.big.ac.cn/
蛋白质序列分析专家系统（ExPASy），www.expasy.org
GitHub生物信息学开源和商业化软件工具平台，https://github.com
主要分子数据库

核酸相关

数据库类别	数据库类型及名称
DNA 和 RNA 序列数据库	GenBank
	ENA
	GSA
	RefSeq
非编码 RNA 数据库	RNAcentral
	NONCODE
	miRBase
	Rfam
	LncBook
	circAtlas
	PlantcircBase
	NPInter
基因组数据库——综合性	Ensembl
	NCBI Genome
	GOLD

核苷酸相关

数据库类别	数据库类型及名称
基因组数据库——植物	Phytozome
	Gramene
	PLAZA
	TAIR
	IC4R
	MaizeGD
基因组数据库——人类	UCSC Genome Browser
	The Cancer Genome Atlas (TCGA)
	International CancerGenome Consortium (ICGC)
	HCA
基因组数据库——模式生物	Flybase
	Mouse Genome Informatics (MGI)
	Zebrafish Information Network genome database (ZFIN)
	WormBase
	Nematode.net
	The Saccharomyces Genome Database (SGD)
基因功能分类等数据库	GO
	BUSCO
	Expression Atlas
	Dfam

蛋白质相关

数据库类别	数据库类型及名称
蛋白质序列数据库	Swiss-Prot/TrEMBL/UniProtKB
	PIR
蛋白质结构数据库	wwPDB (PDB/PDBe/PDBj/BMRB)
	SCOP
	CATH
蛋白质组学数据库	PRIDE
蛋白质功能域数据库	InterPro
	Pfam
	PROSITE
代谢途径数据库	KEGG
	REACTOME
	MetaboLights
	Pathguide
	MANET
	PlantCyc
	MapMan

补充：

蛋白质功能数据库
EggNOG

二、生物信息学主要在线和开源分析工具

序列搜索

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
BLAST	https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi	https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/
HMMER	http://ebi.ac.uk/Tools/hmmer	http://hmmer.org
BLAT	http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat	https://genome-test.gi.ucsc.edu/~kent/src

补充：

diamond

多序列联配

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
ClustalW	http://www.genome.jp/tools/clustalw	http://www.clustal.org
MAFFT	http://mafft.cbrc.jp/alignment/server	http://mafft.cbrc.jp/alignment/software
MUSCLE	http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle	http://www.drive5.com/muscle
T-Coffee	http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee	https://github.com/cbcrg/tcoffee

基序查找

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
MEME	http://meme-suite.org	http://meme-suite.org
SMART	http://smart.embl-heidelberg.de	—

基因预测

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
FGeneSH	http://www.softberry.com/berry.phtml	—
GENSCAN	http://hollywood.mit.edu/GENSCAN.html	http://hollywood.mit.edu/burgelab/software.html
AUGUSTUS	http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus	http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus
GeneMark	—	http://exon.gatech.edu/GeneMark
EVidenceModler	—	http://evidencemodeler.github.io

补充：

PASA

GeneWise

MAKER

BRAKER

开放阅读框查找和翻译

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
ORFfinder	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder	http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/TOOLS/ORFfinder/linux-i64
Transeq	http://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq	http://emboss.open-bio.org

引物设计

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
Primer-BLAST	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast	—
Primer Design	http://bioweb.uwlax.edu/genweb/molecular/seq_anal/primer_design/primer_design.htm	—

非编码 RNA 分析

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
MIREAP	—	https://sourceforge.net/projects/mireap
The ViennaRNA Package	http://rna.tbi.univie.ac.at	http://www.tbi.univie.ac.at/RNA
The UEA small RNA Workbench	—	http://srna-workbench.cmp.uea.ac.uk/downloads
UNAFold	http://unafold.rna.albany.edu	—
CPC2	http://cpc2.cbi.pku.edu.cn	http://cpc2.gao-lab.org/download.php
CIRI/CIRI2/CIRI-AS/CIRI-full	—	https://sourceforge.net/projects/ciri
eTM-finder. circseq-cup 等	—	http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/tools

表观修饰

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
Tombo	—	https://github.com/nanoporetech/tombo
Nanopolish	—	https://github.com/jts/nanopolish
DeepMod	—	https://github.com/WGLab/DeepMod

蛋白质结构预测

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
InterProScan（功能域）	http://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence	http://www.ebi.ac.uk/interpro/download.html
PSIPRED（二级结构）	http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred	http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downloads/psipred
SWISS-MODEL（三级结构）	http://swissmodel.expasy.org	—
I-TASSER（三级结构）	https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER	https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/download
Swiss-PdbViewer	https://spdbv.vital-it.ch	https://spdbv.unil.ch/disclaim.html

蛋白质互作

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
STRING]	https://string-db.org	https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=gsiC7vcwA06g

系统发生树构建

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
PhyML	http://www.atgc-montpellier.fr/phyml	https://github.com/stephaneguindon/phyml
RAxML	https://raxml-ng.vital-it.ch	https://github.com/stamatak/standard-RAxML
Phylogenyfr	http://phylogeny.lirmm.fr/	—
iTOL	http://itol.embl.de	—
MEGA	—	http://www.megasoftware.net
FastTree	—	http://meta.microbesonline.org/fasttree
Phylip	—	http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
PAML	—	http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html
MrBayes	—	http://nbisweden.github.io/MrBayes

补充：

IQ-Tree

基因组组装

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
SOAPdenovo	—	https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2
ALLPATHS-LG	—	https://software.broadinstitute.org/allpaths-lg/blog
Canu	—	https://github.com/marbl/canu
wtdbg2	—	https://github.com/ruanjue/wtdbg2
Flye	—	https://github.com/fenderglass/Flye
NeCAT	—	https://github.com/xiaochuanle/NECAT
Miniasm	—	https://github.com/lh3/miniasm
Falcon	—	https://github.com/falconry/falcon
hifiasm	—	https://github.com/chhylp123/hifiasm
MaSuRCA	—	https://github.com/alekseyzimin/masurca
pilon	—	https://github.com/broadinstitute/pilon
medaka	—	https://github.com/nanoporetech/medaka
arrow	—	https://github.com/PacificBiosciences

补充：

NextPolish

转录组分析

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
HISAT2	—	https://ccb.jhu.edu/software/hisat
StringTie	—	https://ccb.jhu.edu/software/stringtie
TopHat	—	https://ccb.jhu.edu/software/tophat
Cufflinks	—	http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks
NetworkAnalyst	http://www.networkanalyst.ca/NetworkAnalyst	—
FLAIR	—	https://github.com/BrooksLabUCSC/flair
TALON	—	https://github.com/mortazavilab/TALON

补充：

STAR

三维基因组 Hi-C 数据库

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
HiCNorm	—	https://github.com/ren-lab/HiCNorm
Hic-Pro	—	https://github.com/nservant/HiC-Pro
Chrom3D	—	https://github.com/Chrom3D/Chrom3D
HiCExplorer	http://hicexplorer.usegalaxy.eu	https://github.com/deeptools/HiCExplorer
TADbit	—	https://github.com/3DGenomes/tadbit
HiCPlotter	—	https://github.com/akdemirlab/HiCPlotter
Juicebox	http://aidenlab.org/juicebox	—
3d-dna	—	https://github.com/aidenlab/3d-dna
SALSA	—	https://github.com/marbl/SALSA

基因组变异鉴定

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
Bowtie2	—	https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio
BWA	—	https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files
SAMtools	—	https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools
GATK	—	https://github.com/broadinstitute/gatk/releases
Pickey	—	https://github.com/TheJacksonLaboratory/Picky
Sniffles	—	https://github.com/fritzsedlazeck/Sniffles

补充：

Syri

基因组浏览器与可视化

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
Gbrowser	—	http://sourceforge.net/projects/gmod/files/Geneic%20Genome%20Brower
JBrowser	—	http://jbrowse.org
IGV	—	http://software.broadinstitute.org/software/igv
Circos	—	http://circos.ca/software
ggplot2	—	https://github.com/tidyverse/ggplot2

综合

工具名称	在线分析平台	开源软件下载地址
Galaxy	https://usegalaxy.org	https://github.com/galaxyproject/galaxy
Multiple tools for genome analysis	http://molbiol-tools.ca/Genomics.htm	—
VISTA	http://genome.lbl.gov/vista	http://pipeline.lbl.gov/software.shtml
TBtools	—	https://github.com/CJ-Chen/TBtools

工具 | 生物信息学主要数据库与分析工具

猜你喜欢

热点阅读