CentOS 系统安装Docker

https://www.runoob.com/docker/centos-docker-install.html
https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article?id=11090
通过 uname -r 命令查看你当前的内核版本

 uname -r 

Docker CE 即社区免费版，Docker EE 即企业版，强调安全，但需付费使用。

本文介绍 Docker CE 的安装使用。

$ sudo yum remove docker \
                  docker-client \
                  docker-client-latest \
                  docker-common \
                  docker-latest \
                  docker-latest-logrotate \
                  docker-logrotate \
                  docker-selinux \
                  docker-engine-selinux \
                  docker-engine

安装一些必要的系统工具：

sudo yum install -y yum-utils device-mapper-persistent-data lvm2

添加软件源信息：

sudo yum-config-manager --add-repo http://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/centos/docker-ce.repo

更新 yum 缓存：

sudo yum makecache fast

安装 Docker-ce

sudo yum -y install docker-ce

启动 Docker 后台服务

sudo systemctl start docker

测试运行 hello-world

docker run hello-world

安装GATK环境（https://hub.docker.com/r/broadinstitute/gatk/）

docker pull broadinstitute/gatk
Using default tag: latest
latest: Pulling from broadinstitute/gatk
ae79f2514705: Pull complete
5ad56d5fc149: Pull complete
170e558760e8: Pull complete
395460e233f5: Pull complete
6f01dc62e444: Pull complete
b48fdadebab0: Pull complete
6fa8a6238280: Pull complete
Digest: sha256:c0f45677e9af6bba65e7234c33a7447f615febd1217e80ea2231fab69bb350a0
Status: Downloaded newer image for broadinstitute/gatk:latest

启动GATK

docker run -it broadinstitute/gatk:latest
#成功之后会显示如下
root@8e6a3ada3a84:/gatk#

查看工具

./gatk --list #展示GATK下所有的分析工具

退出docker

exit

将系统的文件夹/data/biofile，挂在到docker内的/gatk/my_data

docker run -v /data/biofile: /gatk/my_data -it broadinstitute/gatk:latest