centos环境中java升级

探序基因肿瘤研究院 整理

在下载了picard-3.1.1.jar的软件后，运行：java -jar picard-311.jar MarkDuplicates I=x.sort.bam O=x.sort.rmdup.bam CREATE_INDEX=ture REMOVE_DUPLICATES=ture M=x.sort.metrics.txt

出现错误：

Error: A JNI error has occurred, please check your installation and try again

Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine has been compiled by a more recent version of the Java Runtime (class file version 61.0), this version of the Java Runtime only recognizes class file versions up to 52.0

在服务器输入：java -version

提示：

java version "1.8.0_333"

Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_333-b02)

Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.333-b02, mixed mode)

java的编译环境版本太低，java 8 class file的版本是52，Java 7虚拟机只能支持到51。所以需要升级到java 8 vm才行。

一下为jdk的version对照表

Java SE 9 = 53,

Java SE 8 = 52,

Java SE 7 = 51,

Java SE 6.0 = 50,

Java SE 5.0 = 49,

JDK 1.4 = 48,

JDK 1.3 = 47,

JDK 1.2 = 46,

JDK 1.1 = 45

安装java以及jdk，参考：Linux/CentOS7安装JavaJDK8及配置环境变量

上传jdk-21_linux-x64_bin.tar.gz到服务器，tar -zxvf jdk-21_linux-x64_bin.tar.gz解压缩。

再配置一下环境变量，就可以了。

下载java jdk这个包，需要oracle账号。简单注册一下就可以