Cytoscape的安装（Linux）

Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，它支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。Cytoscape还能够为网络添加丰富的注释信息，并且可以利用自身以及第三方开发的大量功能插件，针对网络问题进行深入分析。

安装

我使用的是conda安装的该软件

conda serach Cytoscape
conda install cytoscape

下载软件包后运行如下命令就可以使用该软件

sh /home/../miniconda3/envs/java/bin/cytoscape.sh

目前只是安装GSEA顺便安装了一下该软件，还没有使用，后续再更新。