单细胞高级分析36计

单细胞36计之11李代桃僵---绘图配件

2021-04-01  本文已影响0人  Seurat_Satija

第十一计李代桃僵
原指桃、李共患难。比喻兄弟相爱相助。后用来指互相顶替或代人受过。
如果在军事谋略上,如果暂时要以某种损失、失利为代价才能最终取胜,指挥者应当机立断,作出某些局部、或暂时的牺牲,去保全或者争取全局的、整体性的胜利。

绘图配件

除了新功能之外,Seurat还为绘图增加了交互功能,还提供了新的附件功能来处理和合并绘图。

# LabelClusters and LabelPoints will label clusters (a coloring variable) or individual points
# on a ggplot2-based scatter plot
plot <- DimPlot(pbmc3k.final, reduction = "pca") + NoLegend()
LabelClusters(plot = plot, id = "ident")
image
# Both functions support `repel`, which will intelligently stagger labels and draw connecting
# lines from the labels to the points or clusters
LabelPoints(plot = plot, points = TopCells(object = pbmc3k.final[["pca"]]), repel = TRUE)
image

以前使用该CombinePlot()功能可以绘制多个图。我们不赞成使用此功能,而建议使用拼凑系统。下面是一个简短的演示,但是请访问此处的补丁程序包网站以获取更多详细信息和示例。

plot1 <- DimPlot(pbmc3k.final)
plot2 <- FeatureScatter(pbmc3k.final, feature1 = "LYZ", feature2 = "CCL5")
# Combine two plots
plot1 + plot2
image
# Remove the legend from all plots
(plot1 + plot2) & NoLegend()
image.png
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