零基础R语言绘制热图
2019-10-23 本文已影响0人
亮亮就是亮
第一步安装：
install.packages("pheatmap") #安装pheatmap包
install.packages("RColorBrewer") #安装RColorBrewer包
library(pheatmap) #加载pheatmap包
library(RColorBrewer) #加载RColorBrewer包
这里稍微给大家介绍一下RColorBrewer包：
RColorBrewer is an R package that allows users to create colourful graphs with pre-made color palettes.
为什么要使用它，是因为他艳丽及丰富的配色深深的把小编吸引住了，这么好的东西一定要分享给大家。他有三个配色。大家可以根据情况使用。
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第二步读取数据：
首先我们来看一下数据的格式，第一行为样品名称，第一列为基因名称。
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fitness <- read.delim("C:/Users/dell/Desktop/fitness.txt", row.names = 1) #读取数据
id <- read.delim("C:/Users/dell/Desktop/id.tmp") #读取需要画图的基因
fit.sel <- fitness[which(rownames(fitness) %in% id$ID), ] #提取需要画图的数据并保存
第三步查看数据分布：
summary(fit.sel) #查看数据最大值最小值设置scale范围
第四步画图：
bk = unique(c(seq(-5, 0, length=100), seq(0, 2, length=100))) #scale范围
col = c(colorRampPalette(rev(brewer.pal(11, "RdYlBu")))(200)) #颜色选取RdYlBu
pheatmap(fit.sel, color = col, breaks = bk, show_rownames = T, clustering_method = "ward.D2")```
最后查看结果：
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最后总结一下常用参数的设置：
treeheight_row 设置row方向的聚类树高
treeheight_col 设置col方向的聚类树高
cellheight 表示每个单元格的高度
cellwidth 表示每个单元格的宽度
display_numbers 表示是否将数值显示在热图的格子中（T/F）。
fontsize 表示热图中字体显示的大小
number_color 设置显示内容的颜色
pheatmap(fit.sel, cellheight=9, cellwidth=18, treeheight_row=100, treeheight_col=18,
color = col, breaks = bk, show_rownames = T, display_numbers=T,
number_color="black", fontsize=6, clustering_method = "ward.D2")
这样运行的结果如下：
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