genoPlotR绘制基因结构图
2020-09-26 本文已影响0人
R语言数据分析指南
绘制基因结构图的方法有很多,TBtools,GSDS网站等;今天介绍如何通过R绘制基因结构图,废话不多说直接看代码。
library(pacman)
pacman::p_load(genoPlotR, dplyr, magrittr,
stringi);options(warn = -1)
data <- "data.xls" %>% read.delim() %>%
arrange(molecule)
list <- data %>% mutate(strand = 1) %>%
select(1, 3, 4, 5) %>%
set_colnames(c("name", "start", "end", "strand")) %>%
group_split(name) %>% as.list() %>%
set_names(unique(data[, 1]))
for (i in seq_along(list)) { list[[i]] %<>%
as.dna_seg(col="black",fill="steelblue") }
list[data[1, 1] %>% stri_sub(length = 5) %>%
paste0(., (list %>% names() %>%
length() %>% seq_len())) %>%
match(names(list))] %>% plot_gene_map()
gene.jpeg
只需要安装加载所需要的R包,读入如下示例格式数据即可,
file.png