生信绘图R可视化小本本

【R>>boxplot】带有误差线和jitter的箱式图

2021-05-18  本文已影响0人  高大石头

箱式图在日常科研中必不可少,特别是带有errorbar和抖动点的,更是必备图。下面就记录下自己常用的boxplot常用画法:


rm(list = ls())
library(tidyverse)
library(ggsci)
ggplot(rt,aes(risk,futime/30,fill=risk))+
  scale_fill_lancet(alpha = 0.7)+
  geom_boxplot(outlier.size = -1,notch = T,
               color="black",lwd=0.8,alpha=0.6)+
  stat_boxplot(geom = "errorbar",width=0.05)+  #添加误差线
  geom_point(shape=21,size=3,
             position = position_jitterdodge(),
             color="black",
             alpha=1)+
  theme_classic()+
  theme(legend.position = "none",
        legend.title = element_blank(),
        axis.text = element_text(size = 11),
        axis.title = element_text(size=13))+
  labs(x="Risk",y="Survial time Month(s)")+
  annotate(geom="text", cex=6,
           x=1.5, y=100, # 根据自己的数据调节p value的位置
           label=paste0("P ", ifelse(p<0.001, "< 0.001", paste0("= ",round(p,3)))), # 添加P值
           color="black")

核心函数:

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