OrthonFinder报错及解决：OpenBLAS Warin

我用的是LSF（Load Sharing Facility）调度软件，我所在的集群限制cpu的使用。

当我以如下方式提交我的作业

BSUB -J orthofinder
BSUB -n 15
BSUB -R span[hosts=1]
BSUB -o %J.out
BSUB -e %J.err
BSUB -q smp
orthofinder -f /public/home/mryuan/O_sinensis/pepseq -t $LSB_DJOB_NUMPROC

LSF kills the job:

OpenBLAS Warining : The number of CPU/Cores(192) is beyond the limit(64). Terminated.

解决方法

将export OPENBLAS_NUM_THREADS=1写在环境变量。
或者在运行的应用程序中加入openblas_set_num_threads(1)

会这么报错的原因

大概与OpenBLAS有关，查看了OpenBLAS的使用说明，在“How can I use OpenBLAS in multi-threaded applications?”赫然发现，如果应用程序已经是多线程的，它将与OpenBLAS多线程冲突，必须将OpenBLAS设置为使用单线程。

注：PBS中同样的报错可以用相同的办法解决

参考：

OpenBLAS usage：https://fossies.org/linux/OpenBLAS/USAGE.md
https://github.com/davidemms/OrthoFinder/issues/323
https://github.com/davidemms/OrthoFinder/issues/356