跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画

折线图添加误差线是非常常用的一种可视化方法，今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2作图的代码。模仿的是论文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genetic history of apple domestication 中的Figure3中的d图

image.png

第一步是准备数据

image.png

数据保存为csv格式

df<-read.table("clipboard",header=T)
df

基本的折线图

library(ggplot2)
head(df)
ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+
  geom_line()+
  geom_point()+
  ylim(0,40)

image.png

添加误差线

ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+
  geom_line()+
  geom_point()+
  ylim(0,40)+
  geom_errorbar(aes(ymin=value-sd,
                    ymax=value+sd),
                width=0.2)

image.png

这样基本就做好了，接下来就是美化

• 去掉灰色背景
• 添加坐标轴线
• 更改坐标轴的刻度和标签

ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+
  geom_line()+
  geom_point()+
  ylim(0,40)+
  geom_errorbar(aes(ymin=value-sd,
                    ymax=value+sd),
                width=0.2)+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.line.x = element_line(),
        axis.line.y = element_line())+
  scale_x_continuous(breaks = 1:13,
                     labels = df$label)+
  labs(x=NULL,y=NULL,title = "AAA")

image.png

接下来是拼图

p1<-ggplot(df,aes(x=time_point,y=value))+
  geom_line()+
  geom_point()+
  ylim(0,40)+
  geom_errorbar(aes(ymin=value-sd,
                    ymax=value+sd),
                width=0.2)+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.line.x = element_line(),
        axis.line.y = element_line())+
  scale_x_continuous(breaks = 1:13,
                     labels = df$label)+
  labs(x=NULL,y=NULL,title = "AAA")
library(cowplot)
plot_grid(p1,p1,p1,p1,p1,p1,ncol=2,nrow=3)

image.png

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