Jalview使用方法（1）——多序列比对

打开后主界面

今天我们介绍一款全平台可以使用的多序列比对工具，那就是Jalview，它的功能非常强大，但是我们今天讲解最基本的多序列比对及结果输出。

1. 导入序列

你可以导入你的fasta格式的序列，也有其他很多种形式的格式，自行选择。

很多种文件格式

2. 多序列比对

序列载入之后，出现的画面。最下面是一些注释信息，你可以选择去掉，或者保留。

选择所有序列后，开始进行序列比对，选择相应的比对算法，我这里选择muscle方法，并且是默认参数。

开始比对序列

3. 去掉多余的信息并且分行显示

为了输出多序列比对结果，我们将不必要的信息隐藏，然后尽量美观的显示序列比对结果。

4. 相似性显示不同颜色，进行美化

一般我们要区分一致性高低的氨基酸，并通过不同颜色来进行更好的可视化。

美化比对结果

5. 导出图片

图片格式有很多种，你可以选择不同的格式，一边我们就选PNG，如果要高质量发表水平的，你可以选择svg或则eps格式。

图片导出