GetOrganelle 组装报错Exception: Cann
2024-01-04 本文已影响0人
Yizhe_Lin
今天用GeOrganelle做叶绿体组装出现……（omitted a long text before）Exception: Cannot find bowtie2 result!的报错，看来是getorganelle调用bowtie2出现问题。先按GetOrganelle作者建议conda install tbb=2020.2[1]，但没起作用，组装仍报同样错误。于是查了资料有人遇到同样问题，作者建议通过bowtie2 --version检查[2]，果然报错：
Can't locate strict.pm: /root/perl5/lib/perl5/strict.pm: Permission denied at /home/csp/miniconda3/envs/getorganelle/bin/bowtie2 line 31.
BEGIN failed--compilation aborted at /home/csp/miniconda3/envs/getorganelle/bin/bowtie2 line 31.
Can't locate strict.pm ... Permission denied查了是bowtie2调用权限的问题，无语，之前组装都没这问题，不知为何今天权限出问题，按网友建议给/root/目录加执行权限chmod a+x /root[3]。
虽不知这样加权限有什么其他后果，但组装却能正常跑了。
参考资料：
[1] Bowtie2 not found
[2] Error: Exception: Cannot find bowtie2 result! #62
[3] Can't locate strict.pm: /root/perl5/lib/perl5/strict.pm: Permission denied
