Bioconda 安装与使用
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Bioconda是一个自动化管理生物信息软件的工具，就像APPstore、360软件管家一样。
Bioconda的优点是安装简单，各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离，非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境 -
下载和安装miniconda
bioconda的使用首先需要安装miniconda
(从中科大源安装miniconda3最新版)
wget https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
下载完成后，在终端键入bash命令进行安装：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
之后按照提示点击回车，输入要安装的位置，或者输入yes
输入yes后，还没有完成最后安装，还需要source一下：
source ~/.bashrc
输入“conda list”来查看已经安装的软件：
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添加channels
conda config --add channels conda-forge conda config --add channels defaults conda config --add channels r conda config --add channels bioconda conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --set show_channel_urls yes
先添加的channel优先级靠后，故最后添加清华bioconda源地址，然后是中科大源，最后为官方源。
科大有bioconda源了 ，可以将其优先级设置为最高
conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/删除channel
查看已经添加的channels：
conda config --get channels
创建名为bioinfo的环境
conda create -y --name bioinfo python=3
激活bioinfo环境
source activate bioinfo
- 更新miniconda
conda update conda
- 卸载miniconda 删除miniconda的整个文件夹：
rm -rf ~/miniconda#这个命令不靠谱，需要去root文件夹中确认要删除的miniconda文件夹的名称,从环境变量中去掉miniconda：打开~/.bashrc文件，删掉最下面的miniconda的路径，关闭并保存
5.利用Bioconda安装生物信息软件
要通过conda安装软件，首先从这里（Available packages）查找该软件是否被conda支持。如果支持，只需输入以下命令即可安装：
conda install fastqc（软件名）
curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt | xargs conda install -y
用list进行安装会出bug，可以手动安装，一个一个来。biostar里面提供的软件不是很合适，可以自己调整。
安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置：或者再次查看已安装软件列表“conda list”
conda默认安装软件的最新版本，如果想安装指定版本的某个软件，可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本
星号标记的表示是已经安装的版本。要安装其他版本，输入：
conda install 软件名=版本号
这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。
更新指定软件：
conda update 软件名
卸载指定软件：
conda remove 软件名
创建环境
conda create -y --name wes python=3
查看系统中已有的环境
conda info -e
conda env list
删除某个环境(名为name的环境)
conda remove -n name --all
