2019-08-29内容

基因组拼接

1. 基因组Survey：基因组大小、杂合度、重复序列含量评估

2. 拼接策略制定：二代、三代、Hi-C等

3. 拼接原理

4. 拼接软件：SOAPdenovo2、canu、pilon 等

基因组注释

1. 重复序列注释：RepeatMasker

2. 基因结构注释：使用 BRAKER 训练参数模型

3. 基因结构注释：使用 Maker 自动化注释

4. 基因功能注释：eggnog-mapper 结合自主开发流程

比较基因组

1. 基因家族鉴定：orthofinder、韦恩图

2. 物种树构建

3. 共线性分析：MCscanX、共线性图

4. 基因家族分析：同源基因鉴定、进化树构建、进化树美化

5. 正选择分析