计算群体分化指数
2019-11-01 本文已影响0人
是鸣
官方操作指南
https://vcftools.github.io/documentation.html
![](https://img.haomeiwen.com/i5740777/6ac0ebde46b8f5ac.png)
用苹果终端做
cd ../../Users/apple/Documents/test
./vcftools --vcf test.filter.prune.in.vcf --weir-fst-pop pop_1.txt --weir-fst-pop pop_2.txt --out pop1_vs_pop2
pop1文本格式如下,亚群里每个样本放在一个txt里
![](https://img.haomeiwen.com/i5740777/6dfed2eafc76f10b.png)
结果
![](https://img.haomeiwen.com/i5740777/d80069dde510f9aa.png)