Windows本地安装blast软件并简单比对分析
2020-10-18 本文已影响0人
Dayueban
整理：dayueban
主要目的是方便日常对测序数据，如编码某个蛋白的基因在物种间序列上的相似性比较。
一、软件下载和安装
blast软件网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
选择64位系统
- 软件安装，下载后，点击安装，和平时安装软件的方法无异，安装位置可以是C盘或者其它盘，但是注意，一般的软件最好选择安装位置的时候路径中不要有中文，否则影响后续正常运行。
二、添加环境变量
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安装好后，会出现doc和bin两个文件夹，doc是文件，bin是执行程序所在的文件夹，将bin所在路径添加到所在系统环境变量，方法为：首先右键点击我的电脑——>属性——>高级系统设置——>高级——>环境变量——>系统变量——>选择
path——>编辑——>新建——>copy路径：F:\bio-tools\blast\blast\bin到该位置——>确定，完成。 -
win+R打开电脑运行，输入cmd进入docs系统，进入到blast软件的bin路径，输入blastp -h，如果能出来帮助信息，说明安装成功，接下来就可以进行相应的blast比对操作了。
三、blast试运行
- 首先blast运行比对之前，要对目标数据库进行建索引
我在NCBI里下载了两个细菌菌株的全基因组蛋白序列，一个是Eubacterium dolichum（a)，一个是Eubacterium biforme(b)。其中a作为目标参考数据库，b用于比对数据。
- 建索引
makeblastdb.exe -in db\Eubacterium_dolichum.faa -dbtype prot -out db\Eubacterium_dolichum.faa.blastdb
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补坑，建立索引这一步，出现了相应的报错，
blast Error: mdb_env_open: 磁盘空间不足。，在网上搜索一通，找到一个解决方法，就是在用户变量里设置一个参数：BLASTDB_LMDB_MAP_SIZE=1000000
图二
解决了这个问题。 -
建立好索引之后，那就是将需要比对的序列去和参考序列进行比对，得到比对结果
blastp -query F:\bio-tools\blast\data\Eubacterium_biforme.faa -db db\Eubacterium_dolichum.faa.blastdb -out db\results.txt -outfmt 6 -evalue 1e-5
