【生信大框架】服务器配置系列（一）

本系列将保持“言简意赅、逻辑清晰”。

编者从事科研数据分析工作，在此分享一些经验，欢迎留言或私信参与讨论。

为什么学？

• 常规生信下游分析普通笔记本即可胜任，但做上游分析则性能不足。
• 自己课题组或科室有服务器，但不熟悉Linux操作，不知如何配置最佳。

常见的计算型服务器类型：

1. 云服务器（共享服务器）
2. 本地服务器

云服务器

从生物公司购买“生信云服务器”使用权，登录后即可直接使用。

优势：

• 无需配置系统环境，只需安装需要用的R包或linux软件
• 远程访问方便，网速有保障
• 价格较本地服务器低很多，适合入门选择

劣势：

• 运行内存共享，任务可能被挤掉
• 数据传输有时间成本，受网速影响
• 数据不在本地，有安全隐患

本地服务器

课题组或科室有相关设备，但需要自行配置使用

优势：

• 数据本地存储，数据存取、查看都很方便
• 同一局域网下，访问和传输速度极快
• 可视化操作便捷，对初学者非常友好，也便于故障排除

劣势：

• 远程访问需要配置网络
• 所有运行环境都需要自行配置，需要耐心与时间
• 要留意停电通知，及时关机

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1. 装什么系统：

使用Linux系统毋庸置疑，具体有三种方案：

• 方案一：Ubuntu （Ubuntu-22.04.2-desktop）
  整机装成一个Linux系统
  不折腾，适合长期稳定运行的场景
• 方案二：Win+Ubuntu
  装双系统，开机引导进入哪个系统
  需要重启切换系统，适合多场景使用的个人高性能主机
• 方案三：Win+WSL2
  在Win系统下安装Linux子系统，即WSL2
  （不推荐）WSL2目前还不稳定，稍有闪失Linux系统的文件就会丢失，适合有经验的开发者，知道自己在做什么。
• 优先推荐方案一，对于方案二，建议先装Win再装Ubuntu。以下围绕方案一展开

2. 如何装系统：

核心问题是把分区做好，其他步骤请参考以下文章，操作完成即可。

编者的分区方案：（欢迎在评论区分享自己方案，帮助更多的人）
主机配置：32G运行内存+256G固态硬盘+8T机械硬盘

分区类型	挂载点	大小
efi		500M
swap		48000M
ext4	/boot	2000M
ext4	/tmp	10000M
ext4	/var	50000M
ext4	/usr	50000M
ext4	/opt	50000M
ext4	/	35560M（剩余空间）

请参考：如何安装 Ubuntu 22.04 LTS 桌面版 (图文教程) ?

2. 更换软件源

目的：后续更新系统，软件包下载速度会更快

登录进入桌面后，左下角打开软件菜单，找到终端，右击收藏，会经常用到。

• 重命名源文件

sudo mv /etc/apt/sources.list  /etc/apt/sources.list.bk

• 创建新的源文件

nano /etc/apt/sources.list

• 将以下内容粘贴进去，这几行就够了。之后按Ctrl+O写入，按Ctrl+X退出。

deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-updates main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-backports main restricted universe multiverse
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu/ jammy-security main restricted universe multiverse

3. 安装apt-faster

目的：多线程，安装软件速度更快

• 以下命令依次执行

sudo apt-get install axel
sudo add-apt-repository ppa:apt-fast/stable
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install apt-fast

• 选择apt
• 设置最大连接数6
• 与apt-get功能相似，我们可以使用：

sudo apt-fast install package
sudo apt-fast remove package

• 更新软件包

# 检测软件包是否有更新
sudo apt-fast update
# 执行更新
sudo apt-fast upgrade
# 显示哪些软件包需要更新
sudo apt-fast dist-upgrade

4. 开启root登录

目的：特殊情况下安装软件包或修改配置系统

请参考： ubuntu 开启root用户登录系统

5. 配置.bashrc

目的：配置常用命令的缩写以提高效率；在命令行界面显示一些系统信息

• 打开文件

nano ~/.bashrc

• 配置命令行显示外观

# 添加
export PS1='\[\e[1;36m\][\A-\#] \[\e[1;32m\]LUNA:\[\e[0;32m\]\u\[\e[1;33m\] → \[\e[1;33m\]$PWD \[\e[0m\] \n\[\e[0m\]'

• 配置常用命令的缩写

# 添加
alias grep='grep --color=auto'

alias ll='ls -alFh'
alias la='ls -A'
alias l='ls -CF'

alias h='history'
alias b='cd ..'
alias bb='cd ../..'
alias bbb='cd ../../..'

alias le="less -S -N"
alias rm='rm -rf'
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'

alias cls='clear'
alias rst='source ~/.bashrc'

• 使配置生效

source ~/.bashrc

至此，Linux系统的基本配置已完成，欢迎在留言区或私信与我们分享你的实践与思考。