bcftools：根据染色体提取vcf中的信息
2021-11-08 本文已影响0人
little_sandy
根据染色体提取vcf中的信息：
bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_22.gz -O z
解释：
提取金标准变异NA12878.vcf.gz中20、21和22染色体的变异，保存到NA12878.vcf.chr20_22.gz文件中
-O z：表示使用压缩形式保存文件
提取之后的文件作为其它软件输入时经常需要索引，可按如下建立索引：
bcftools index -t NA12878.vcf.chr20_22.gz
解释：
-t：产生TBI格式的索引（如果没有-t选项，默认会产生csi的索引）
命令结束后会产生NA12878.vcf.chr20_22.gz.tbi的索引文件
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