今天学习内容是：Linux环境下软件的安装

（主要内容是安装和配置miniconda，使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载软件）

一、准备工作：检查有没有bzip2

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二、下载miniconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

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三、安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

（安装完后需要激活，命令行输入conda，出现满屏信息说明成功了）

四、添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

五、查看当前所有软件列表conda list

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六、搜索软件conda search fastqc【以数据质控软件fastqc为例】

七、安装软件conda install fastqc -y

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八、卸载软件conda remove fastqc -y

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九、查看当前conda有哪些环境

conda info --envs
(前面带*的就是默认的)

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十、建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

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再次查看一下我们的conda环境
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十一、激活新的conda环境

source activate rna-seq

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输入fastqc
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十二、卸载一个环境中的软件

·卸载某一软件：conda remove -n rna-seq fastqc -y

·全部卸载（也就是卸载这个环境）conda remove -n rna-seq --all

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（注意：最后卸载环境的时候，需要先退出当前环境source deactivate，因为自己肯定不能把自己删除吧）