只应该用直系同源基因构建物种系统发生树？

当从一组序列构建系统发生树时，主要的假设是他们来自同一个祖先序列，即它们是同源的。

• 旁系同源paralogous的定义----最近共同祖先发生在一个基因重复事件之前的一堆基因。

• 直系同源ortholog的定义----最近共同祖先发生在一个物种形成事件之前的一对基因。
  

  一个基因的进化历史，有两次单独的重复事件
  在这个进化时期结束后，两个物种里的所有的5个基因都是同源的，有3个直系同源对:Aβ/Bβ，Aα/Bα和Aα/Bγ。Bα和Bγ是旁系同源，任何其他的组合被认为是直系同源对。