CRISPR/Spacer/Cas有关预测方法：集锦

2021-12-03 本文已影响0人胡童远

规律间隔成簇短回文重复序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是细菌，古菌抵抗细菌的适应性免疫系统的重要组成部分。细菌利用记录在CRISPR间的病毒Spacers，快速识别入侵病毒，激活Cas蛋白切割病毒DNA保护自己。收罗了一些有关CRISPR/Spacer/Cas预测的方法。

CRISPR-Cas9系统简介

方法	期刊	时间	被引
CRISPRFinder	Nucleic Acids Res.	2007	1732
CRISPRCasFinder	Nucleic Acids Res.	2018	482
CRISPRTarget	RNA Biology	2013	231
MacSyFinder	PLoS One	2014	161
CRISPI	Bioinformatics	2009	149
CRISPRmap	Nucleic Acids Res.	2013	134
Crass	Nucleic Acids Research	2013	103
CRISPy-web	Synthetic and Systems Biotechnology	2016	88
CRISPRCasTyper	The CRISPR Journal	2020	14
CRISPRcasIdentifier	GigaScience	2020	10

（谷歌学术 2021.12~）

Crass

标题：Crass: identification and reconstruction of CRISPR from unassembled metagenomic data
译题：从宏基因组reads中鉴定CRISPR序列
期刊：Nucleic Acids Research
时间：2013
被引：103 （谷歌学术 2021.11.30）
引文：Identification of Natural CRISPR Systems and Targets in the Human Microbiome. Cell Host & Microbe. 2020

Github：https://github.com/ctskennerton/Crass
Bioconda：https://anaconda.org/bioconda/crass

安装

conda create -n crass
conda install crass
crass --help
# version 1 subversion 0 revison 1 (1.0.1)

CRISPRcasIdentifier

标题：CRISPRcasIdentifier: Machine learning for accurate identification and classification of CRISPR-Cas systems
期刊：GigaScience
时间：2020
被引：10 （谷歌学术2021.12.1）

Github: https://github.com/BackofenLab/CRISPRcasIdentifier

安装

# 1 下载工具
wget https://github.com/BackofenLab/CRISPRcasIdentifier/archive/v1.1.0.tar.gz
tar -xzf v1.1.0.tar.gz
# 2 下载HMM ML模型
wget -c https://drive.google.com/uc?export=download&confirm=khcL&id=1YbTxkn9KuJP2D7U1-6kL1Yimu_4RqSl1
wget -c https://drive.google.com/uc?export=download&confirm=IpA7&id=1Nc5o6QVB6QxMxpQjmLQcbwQwkRLk-thM
# 3 conda安装
conda env create -f crispr-env.yml -n crispr-env
conda activate crispr-env
# 测试
python CRISPRcasIdentifier.py -h

CRISPRCasTyper

标题：CRISPRCasTyper: Automated Identification, Annotation, and Classification of CRISPR-Cas Loci
期刊：The CRISPR Journal
时间：2020
被引：14（谷歌学术 2021.11.30）

Github：https://github.com/Russel88/CRISPRCasTyper

安装

conda create -n cctyper -c conda-forge -c bioconda -c russel88 cctyper
conda activate cctyper
cctyper -h
cctyper genome.fa my_output
cctyper genome.fa my_output --circular  # 输入：环状基因组
cctyper assembly.fa my_output --prodigal meta  # 输入：meta组装

CRISPRCasFinder

文章

CRISPRFinder: a web tool to identify clustered regularly interspaced short palindromic repeats. Nucleic Acids Res. 2007
被引：1732（谷歌学术 2021.11.30）
MacSyFinder: a program to mine genomes for molecular systems with an application to CRISPR-Cas systems. PLoS One. 2014
被引：161（谷歌学术 2021.11.30）
CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins. Nucleic Acids Res. 2018
被引：482（谷歌学术 2021.11.30）

Github：https://github.com/dcouvin/CRISPRCasFinder

安装

git clone https://github.com/dcouvin/CRISPRCasFinder.git
cd CRISPRCasFinder/
bash installer_UBUNTU.sh  # 需要sudo
source ~/.profile

CRISPRmap

标题：CRISPRmap: an automated classification of repeat conservation in prokaryotic adaptive immune systems
期刊：Nucleic Acids Res.
时间：2013
被引：134（谷歌学术 2021.12.3）

地址：http://rna.informatik.uni-freiburg.de/CRISPRmap