Linux获取fasta格式的序列长度

2022-01-25  本文已影响0人  煮梦斋_bioinfo

txt情况

awk '/^>/{if (l!="") print l; print; l=0; next}{l+=length($0)}END{print l}' XXX.txt

fasta情况

awk '/^>/{if (l!="") print l; print; l=0; next}{l+=length($0)}END{print l}' XXX.fasta
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