10X空间转录组WORKFLOW
来自https://spatialtranscriptomics.com/workflow/
记得我们在ST Pipeline||空间转录组分析流程讲过，空间转录组就是把之前的单细胞的cell-gene矩阵转化为xy-gene的矩阵，在其中xy是cell的坐标。那么如何获得这个xy呢？今天让我们来看看空间转录组的一般流程吧。
1. Histology
将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的RNA分子都包含着基因表达的信息。组织切片成像，以检索组织学信息。这样就可以看到一个细胞或一组细胞在组织中的位置。
2. The Array
空间转录组芯片上含有上千个捕获的spot，这些捕获探针的 Poly-T 尾可以结合RNA分子的 Poly-A 尾。这些阵列的排列顺序就像一个棋盘，带有相同身份条形码（barcode）的探测位于同一个正方形中。这样就可以确定每个捕获探针及其结合RNA的来源。
3. Tissue Fixation
组织切片固定。该芯片包含一个与组织切片一起成像的视觉可检测框架。这使得在后续步骤中覆盖细胞组织图像和基因表达数据成为可能。
4. Permeabilisation
用我们的渗透试剂对组织进行渗透，这意味着在细胞膜上形成小孔。RNA分子可以通过这些通道离开细胞，并与芯片上相邻的捕获探针结合。因此，基因表达信息被捕获在芯片上。需要通过以下步骤将捕获的RNA分子中存储的信息转换为数据。
5. cDNA Synthesis
cDNA合成是为了创造稳定的双链DNA分子。这是必要的，因为cdna - rna -杂交体的降解速度很快。此外，这是构建可测序文库之前的必要步骤。
6. Library Preparation
cdna - rna -杂交体从芯片上分离出来，然后建库。这意味着分子在某种程度上进行了修改，使之能够通过测序仪器读出它们编码的信息。
7. Massively Parallel Sequencing
创建的库是有序的。因此，关于捕获的RNA编码的基因和RNA来自组织的哪里的信息被提取出来。这些数据在云中存储和分析。
8. Data Visualisation
在最后一步中，所有之前收集的信息都被汇集起来，可以在线访问。这意味着在实践中，您可以查看组织切片的图像并选择组织中的不同区域。然后你可以确定哪些基因在这些区域中以什么数量表达。因此，你可以在一个单一的实验中进行广泛的新分析。
Integrating single-cell RNA-Seq with spatial transcriptomics in pancreatic ductal adenocarcinoma using multimodal intersection analysis
