SRAtoolkit安装步骤

SRAtoolkit是NCBI开发的一个用于SRA文件处理的软件包，包含许多有用的工具。

SRAtoolkit安装步骤

<h3>Step 1：下载SRAtoolkit软件包</h3>
软件包下载地址在NCBI网站：
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
目前最新版是2.9.2；有多个操作系统版本，我们选Ubuntu 64bit版；
这里用wget的-P参数，设置下载文件保存的路径是~/Seqs/

wget -P ~/Biosofts/ https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz

<h3>Step 2：解压压缩包</h3>
用tar命令的-C参数，设置解压文件保存路径在~/Biosofts

tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts

<h3>Step 3：测试安装是否成功</h3>

~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h

屏幕显示结果：

image.png

<h3>Step 4：将sratoolkit安装文件路径加入环境变量</h3>

echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH'  >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

<h3>Step 5：再次测试sratoolkit安装情况</h3>

fastq-dump

屏幕显示结果：

image.png

prefetch

屏幕显示结果：

image.png

更详细步骤和说明，参见官网Documentation：
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std