bed文件

BED (Browser Extensible Data)格式文件就是通过规定行的内容来展示注释信息

• BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列；另外还可以添加额外的9列，这些列的顺序是固定的。
• 在自定义BED文件时，前面可以有注释行，以“browser”或“track”开头，可以设置一些参数便于浏览器更好展示BED文件信息。但是，下游的一些分析工具，例如bedToBigBed，是不接受有注释的BED文件的。

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BED文件必须的3列

1. chrom - 染色体号; 例如，chr1，chrX。。。。。。。
2. chromStart - feature在染色体上起始位置. 从0开始算，染色体上第一个碱基位置标记为0。
3. chromEnd - feature在染色体上终止位置。染色体上前100个碱基片段的位置位置标记为：chromStart=0, chromEnd=100。 实际上，第100个碱基不属于当前片段中，当前片段的碱基应该是0-99。所以在BED文件中，起始位置从0开始，终止位置从1开始。

BED文件可选的9列

4. name - BED行名，在基因组浏览器左边显示；
5. score - 在基因组浏览器中显示的灰度设定，值介于0-1000；

image

6. strand - 正负链标记. Either "." (=no strand) or "+" or "-".

7. thickStart - feature起始位置(for example, the start codon in gene displays)。 When there is no thick part, thickStart and thickEnd are usually set to the chromStart position.

8. thickEnd - feature编码终止位置 (for example the stop codon in gene displays).

9. itemRgb - R,G,B (e.g. 255,0,0)值，当itemRgb 设置为 "On"，BED的行会显示颜色.

10. blockCount - blocks (exons)数目.

11. blockSizes - blocks (exons)大小列表，逗号分隔，对应于blockCount.

12. blockStarts -blocks (exons)起始位置列表，逗号分隔，对应于blockCount.；这个起始位置是与chromStart的一个相对位置。

BED文件示例

track name=pairedReads description="Clone Paired Reads" useScore=1
chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512
chr22 2000 6000 cloneB 900 - 2000 6000 0 2 433,399, 0,3601

itemRgb 添加颜色

browser position chr7:127471196-127495720
browser hide all
track name="ItemRGBDemo" description="Item RGB demonstration" visibility=2 itemRgb="On"
chr7    127471196  127472363  Pos1  0  +  127471196  127472363  255,0,0
chr7    127472363  127473530  Pos2  0  +  127472363  127473530  255,0,0
chr7    127473530  127474697  Pos3  0  +  127473530  127474697  255,0,0
chr7    127474697  127475864  Pos4  0  +  127474697  127475864  255,0,0
chr7    127475864  127477031  Neg1  0  -  127475864  127477031  0,0,255
chr7    127477031  127478198  Neg2  0  -  127477031  127478198  0,0,255
chr7    127478198  127479365  Neg3  0  -  127478198  127479365  0,0,255
chr7    127479365  127480532  Pos5  0  +  127479365  127480532  255,0,0
chr7    127480532  127481699  Neg4  0  -  127480532  127481699  0,0,255

• 上面信息在the Genome Browser展示结果，查看 BED itemRgb; 其中Pos 和Neg 分别由一种不同的颜色标记。

参考：BED 文件格式
UCSC官网