Anaconda安装seurat，解决R版本不兼容
大火的seurat分析软件，我没法安装，怎么办？
单细胞分析的文章在近几年如雨后春笋一般，热度一直有增无减。而用于分析单细胞转录组的基于R的Seurat安装包，很多人表示安装总是出问题，甚至你无论尝试什么类型的R版本，都不能正常安装，到最后不得不采用下载到本地进行加载安装包方法，甚至有些缺省安装包的安装还需要root权限。巧妇难为无米之炊，码农最恨bug常追。在这里推荐大家使用Anaconda进行安装，安装教程得益于尧小飞大神的指导，该方法完美的解决了Seurat安装包版本的问题，甚至，你都不用担心镜像的选择。如此方便的方法，你也来试试吧。
第一步：Anaconda下载和安装
Anaconda可从官网下载所需要的版本：https://repo.anaconda.com/archive/
Anaconda安装：Anaconda安装较为简单，我下载的文件最新版本的Anaconda：Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh
接下来，放心的安装吧：命令行如下：
sh Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh
接下来是交互界面，一直回车，到出现是否接受许可协议。
输入：yes
接下来会提示选择安装路径，默认是在个人home目录下，也可以选择指定安装目录。需要注意的是，当你指定的安装目录已经存在了，就会出现以下报错，甚至你删掉了该目录还是会报同样的错误。
不用慌，根据界面显示使用sh Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh -u 进行安装。然后选择你自己要安装的位置。安装最后会提示是否将Anaconda3添加到~/bashrc文件中，可以根据自己需要选择。
接下来，设置环境变量：export PATH=/my/home/Anaconda3/bin/:$PATH
第二步：安装R
安装R之前，首先需要配置conda：
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
安装R
conda install r
anaconda会随着其版本安装默认的R版本号，我的是3.6.1，如果要升级或安装之前的版本，可使用 conda update r r=3.5.2
anaconda装的R中其镜像没有清华的镜像，但对于国人来说，清华镜像能满足你大部分的需求。
# 添加Anaconda的TUNA镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
# 设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
conda安装R包有两种方式：
一种是使用conda命令安装：conda install -c r package-name，需要注意的是conda下面的r包的名称与普通R包的名称不一样，具体名称可以在官网上面查询（http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/）；
另外一种是直接进入conda下面的R交互界面，安装普通安装R包的方式进行安装，比如bioconductor或者install.packages方式。
Anaconda安装的R自身带的R包比较少， 用命令（.packages(all.available=T)）查看自带的基础包，可用的包只有52个，像常用的ggplot都没有，因此需要安装很多基础包，如果一个一个的安装，实在是太麻烦，Anaconda提供了一个快捷安装很多基础包的命令：conda install -c r r-essentials，里面自带了100个常用的科学计数包。查询conda官网的R包的链接如下：http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/。
上述描叙来源于尧小飞的描述。在此做一个搬运工。吼吼吼。。。
第三步：安装seurat包
安装Seurat时，我直接使用R进行安装，发现所选择的镜像似乎都不能正常安装，无奈采用 conda install -c r package-name的方式进行安装。
seurat的安装方式是conda install -c conda-forge r-seurat
该方法速度很快哦，比R的交互界面安装包速度大概提升了10倍~当然，这个数字也得看个人网络问题。
又双叒叕，导入包还是报错了。
> library(Seurat)
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/annoroad/data1/bioinfo/PMO/chenjing/anaconda3/lib/R/library/Rtsne/libs/Rtsne.so':
libopenblas.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
系统告诉我，没有libopenblas包。没关系，方法总比困难多嘛。
根据官方网站 https://anaconda.org/conda-forge/libopenblas提供的方法安装libopenblas，选其中之一即可。两种方法均不需要root权限哦~
To install this package with conda run one of the following:
1: conda install -c conda-forge libopenblas
2: conda install -c conda-forge/label/broken libopenblas
导入包后，提示默认的R版本中装globals和listenv的版本比较低，根据提示的版本信息，采用conda升级即可。
conda install -c r r-globals=0.12.5
conda install -c r r-listenv=0.8.0
终于装好了啦，此处应该有掌声！！
踩坑太多，且行且珍惜~~~
参考：
