组装工具汇总(占坑用)
2018-04-15 本文已影响76人
xuzhougeng
MaSuRCA: 混合组装工具
适用于二代和三代混合组装，也可以就只装二代数据。
官方提示：使用原始数据，不做任何的预处理，任何trimming, cleaning和error correction操作都会影响组装的结果。
这估计是软件本身会做上面这一步吧。
软件使用分为三步：
- 创建配置文件
~/opt/biosoft/MaSuRCA-3.2.4/bin/masurca -g config.txt
- 按照需求修改配置文件
主要分为DATA和PARAMETERS，DATA部分用来指定PE（双端illumina普通文库), JUMP（illumina大片段文库), OTHER（其他平台的测序结果）
PE = aa 180 20 /data/fwd_reads.fastq /data/rev_reads.fastq
# 两个字符作为前缀，文库插入平均大小，标准差(如果不清楚，约等于文库插入平均大小X0.15）
- 产生组装程序并运行
~/opt/biosoft/MaSuRCA-3.2.4/bin/masurca config.txt
./assemble.sh
最后的组装结果为genome.ctg.fasta，genome.scf.fasta
