单细胞-稀疏矩阵

2022-04-07  本文已影响0人  MYS_bio_man

IPF:GSE136831,这个数据跟我平时处理的单细胞数据格式不一样,查过问过请教过,原来是这里下载得到的是稀疏矩阵。

sparse matrix是用来存储大型稀疏矩阵用得,单细胞表达数据基本都用这个格式来存储,因为单细胞很大部分都是0,用普通文本矩阵存储太占空间。

使用简单:
library("Matrix")
readsCount <- read.csv("data/count.csv", header = T, row.names = 1)
readsCountSM <- as(as.matrix(readsCount), "dgCMatrix")
转回去,as.matrix() 就可以了

TIPs: 用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵 | sparse matrix by dgCMatrix;下载数据包含“sparse”字样考虑是稀疏矩阵


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