009-vegan包做Alpha多样性分析

网址

http://www.qplot.cn:3838/apps/009-vegan_diversity/

• vegan包是一个全面强大的生态学分析包
• diversity() 计算多样性
• estimateR() 计算丰富度

shannon, 菌群多样性指数
香农-威纳指数的公式是：H=－∑（Pi）（㏑Pi）
Pi=样品中属于第i种的个体的比例，如样品总个体数为N，第i种个体数为ni，则Pi=ni/N
各种之间，个体分配越均匀，H值就越大。如果每一个体都属于不同的种，多样性指数就最大；如果每一个体都属于同一种，则其多样性指数就最小
Dominance 随即取两条序列，来自同一个样品的概率Σ (Si(Si-1))/N(N-1)

simpson 菌群多样性指数
辛普森多样性指数=随机取样的两个个体属于不同种的概率
=1-随机取样的两个个体属于同种的概率
越均匀，值越大

Pielou’s evenness(J),
Shannon-Wiener指数(H),
物种丰富度 Species richness(S),
J <- H/log(S)

chao1, 菌种丰富度指数。估计群落中的OTU数目
Schao1=Sobs+n1(n1-1)/2(n2+1),其中Schao1为估计的OUT数，Sobs为观测到的OTU数，n1为只有一天序列的OUT数目，n2为只有两天序列的OUT数目。

输入数据，直接从Excel复制，粘贴至APP文本框

行为OTU或物种等变量、
列为样本名

输入数据.png

结果

diversity.png richness.png 物种积累曲线.png

参考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_49b2ad440102w5r7.html