samtools faidx

samtools faidx 是一个建索引的命令，那为什么要给参考基因组建索引呢？

想象一下你有一本非常厚的书，但这本书没有目录。如果我让你找到某一个特定的章节，你可能需要从头到尾翻阅整本书，这非常耗时。如果这本书有一个详细的目录，你可以很快查到那个章节的页码，直接翻到那一页，这就是索引的作用。
以这个序列为例

$ cat 111.fa
>11
AAAAA
>222
AAAAAA
AAAA
>333
AAAA
$ samtools faidx 111.fa

111.fa.fai 第一列是序列ID， 第二列是序列长度，第三列是序列在文件的位置（单位字符），第四列是序列字符数（一行），第五列是序列字符数加换行符（第一行）。