什么是包

没什么好解释的，直接上书中的原文吧；

什么是包

包的安装

1. 从CRAN站点下载安装包

install.packages()不添加参数，将显示一个CRAN镜像站点的列表。
install.packages("pkgname")，包名作为参数，在引号中，用于下载安装包pkgname，一个包只用下载安装一次即可。
update.packages()，用于更新已安装的包。
installed.packages()，查看已安装包的信息。

已安装包的信息

任何R包安装完成要使用前，都需要载入，使用如下语句。
library(pkgname)

2. 从 Bioconductor站点下载安装包

使用R语言进行生信分析的用户不在少数，而很多生信分析所需的包都可以在 Bioconductor仓库中找到并下载（Bioconductor官网直接搜索即可，添加链接文章无法审核通过）。
要接入这个包仓库，需要先安装BiocManager包，使用语句install.packages("BiocManager")进行安装，按照提示解决相应问题最后都能够安装成功。我因为已经下载安装过了，所以提示可能和初次安装有所不同。

BiocManager安装
之后便可以从Bioconductor库中下载安装所需要的包了。比如我们现在安装生信分析时进行ID转换所需的一个包org.Hs.eg.db。可以使用如下语句，BiocManager::install("org.Hs.eg.db")，也可以在前面加上如下语句：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

顺带一提，如果要看相应包的帮助文档，可以使用如下语句。BiocManager库中的包都具有非常完善的说明文档。
vignette("DESeq2")

DESeq2帮助文档

3. 从Github站点下载安装包

有一些实用但是小众的包可能作者是放在Github站点的，R也提供相应接入的方式，首先使用下列语句下载安装包devtools。
install.packages("devtools")
如果缺少依赖的包按照提示安装即可，显示下列页面即表明安装成功。

提示信息1 提示信息2

同时也可能因为有些依赖包为源码包，需要编译，此时需要安装编译工具Rtools，安装教程可以根据之前的文章更新R version 4.0.0 后安装配置Rtools - 简书 (jianshu.com)
)或者官网提示进行安装。
devtools安装完成就可以安装一些Github中的包了，比如我们安装一个github上的用于RNA速率分析的包velocyto.R。Vecyloto.R的安装（碰壁无数次，终于成功） - 简书 (jianshu.com)

library(devtools) # 加载devtools包
install_github("velocyto-team/velocyto.R") # 安装velocyto.R