利用UCSC Xena做TCGA数据库的生存曲线分析
2019-03-21 本文已影响7人
superqun
UCSC的分析入口
打开UCSC Xena网站：UCSC Xena。（网页速度可能不太稳定）
点击界面的GET STARTED，在打开的界面右上角点Launch Xena Browser，界面如图，进入分析界面。
在这里插入图片描述
利用UCSC分析TCGA数据库中乳腺癌样品
- 在serch a study中选择TCGA Breast Cancer (BRCA)，Done。
- Select Data Type中选择Genomic。
- Add Gene or Position中输入目的基因的名字。
-
Assay Type中按照需要选择。
如，Gene Expression。 - 可以继续选择Assay Type，
如,Copy Number。
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- 在栏目中点击左上角菜单图标，选择Kaplan Meier Plot。
结果如图
在这里插入图片描述
2019/3/21
