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你行!| TBtools 可视化 Batch SMART 的结果

2020-03-22  本文已影响0人  生信石头

Batch SMART 是 TBtools 的 插件一号。发布之后,感兴趣的人确实很多。说实话,不需要去看邮箱里增加多少邮件,也不需要QQ群里有多少人反应。只看 SMART 网站现在的负载就知道了。在前几天,我最多排位到 position 3【注:其实前两个任务也是我的】。然而今天只要提交序列,一定是 position 10 开外。难道,大家都知道 SMART 好,然而确实没有便捷地方法去批量化,于是压抑太久?

补充,推文写完了,收到一个用户的邮件,看了下报错信息:


..... It's all my fault?!

写在前面

Anyway,正如前面推文所述,Batch SMART 事实上即一个模拟网页提交的脚本/爬虫。其运行主要依赖于网站的任务负荷。如果确实用的人太多,不知道会不会存在可能把 SMART 搞崩溃。不过,这并不是我需要关心的事情,我已经充分限制了 Batch SMART 的提交和获取时间间隔。
目前收到的问题主要有两个,其他的都不是问题,因为我不想解决,也没必要,看手册就行。

突然弹出黑框

Emmm... 这种情况,很难发生。但是一旦发生,只能说明你的网络存在问题。或者是网速太慢,导致无法保持跟SMART的通讯,然后就结束。网络问题,没有解法。遇到这个情况,最好的方式是:

  1. 查看结果文件中运行到哪个ID,删掉最后这个ID的结果
  2. 将这个ID前面的所有 ID对应的序列从查询文件中过滤掉,用 TBtools 的 Fasta Filter
  3. 得到的过滤后的 Fasta 文件,继续查,注意网络别太差,这个救不了。

不知道怎么可视化....

SAD,事实上,TBtools 提供了一个我个人认为相对完美的通用的批量的生物序列可视化工具,即

具体这个功能,我在很久以前写的一篇《顺式作用元件可视化》的推文中用过,但是很少人记得。刚刚已经有 TBtools早期用户 答应写一个推文,然后投稿到《生信札记》微信公众号。大家就期待吧。

当然,无论是否有对应的可视化推文出来。我也不希望再回复,如何可视化Batch SMART结果这类问题,因为这个问题不应该存在。

为此,我直接加了一个选项【注:默认开启】



一旦运行结束,就会自动可视化


于是,整个世界都清净了,大家爱干啥就干啥吧。

写在后面

每个用户有每个用户的诉求,这个完全理解。
只是每一个软件开发者,也有他的诉求。
就 TBtools 而言,我一贯坚持是
我只负责卖锅,不会教炒菜
不知道怎么用锅?看说明书,或者自己琢磨。
锅有问题,可以提出来。在TBtools使用交流群提出来就好了。
不要小窗我,更不要问我,番茄炒鸡蛋还是蛋炒西红柿怎么做?这个真的超纲。
如果执意要问,完全没问题。我其实是接受付费咨询的,¥360每小时,童叟无欺,解决不了不收费。一般问题,尤其是 TBtools 使用相关,一个小时内解决。
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