10X单细胞空间个性化回顾总结

这一篇，我们继续总结，这里用到的PPT是我给产品技术培训用的PPT，当然了，有一些内容一笔带过，有的地方详细讲了讲，免费分享给大家，祝愿大家科研顺利，喜欢生物信息的，喜欢单细胞空间转录组的，都能在这个领域有所成就

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轨迹推断方式

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轨迹推断的软件总结

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最流行的方法，RNA速率

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最好的轨迹推断组合

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通讯软件合集

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通讯软件的最新进展

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单细胞最好的肿瘤识别方法

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一定要指定ref

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树形图体现异质性更加直观

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结合起来更加给力

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权重表达

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关联表型

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下游分析

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模块联系

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最好的寻找元程序的方法---NMF

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解释性更强

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元程序表征性更好

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单细胞 + VDJ，motif很重要

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TCR本身就可以寻找相似性

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核心半径难定义

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位点结合多态性

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两者hit更准确

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强强联合

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差异基因 & motif

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CoNGA更直观

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BCR分析更深入

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基因丰度表差异

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都是寻找motif

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单细胞 && 空间

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空间基因开关

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肿瘤边界微环境

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联合表征空间细胞分布

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肿瘤离得近，才能听得清

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空间通讯分析不能搞一刀切

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距离表征组织有序性

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你不来找我，我就来找你

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空间模块很重要

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空间表征显异质

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没有什么是模块不能划分的

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空间CNV图谱

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肿瘤确有异质性

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生活很好，有你更好，我们江湖再见