Linux -- SGE集群常用命令

2020-05-14 本文已影响0人生信摆渡

使用qsub -help查看帮助文档

-N: 定义投递的工作名
-cwd：设置工作目录为当前目录
-l: 指定作业所需要的资源，设定对可消耗资源的限制。如果不设置，则无限制。
LINUX系统可以设置的资源有cput, file, pcput, pmem, pvmem, vmem, walltime, arch, nodes, ncpus等；
- Cput指作业的所有进程使用cpu最长时间；
- File指作业可以建立单个文件大小的最大限制；
- Pcput指作业的单个进程可以使用CPU的最长时间；
- vmem指作业可以使用的物理内存的最大值；
- Pmem指作业的单个进程可以使用的物理内存的最大值；
- Pvmem指作业的单个进程可以使用的虚拟内存的最大值；
- walltime指作业处于运行状态的最长时间；
- arch 指定系统管理员所定义的系统结构类型；
- host指定作业运行的主机名；
- nodes指定作业独占使用的结点数目和属性，使用“+”可以连接多种结点的定义。U数
-V ：将所有的环境变量都传递到批处理作业中
-m 定义何时给用户发送有关作业的邮件。可设定的选项有：
- n 不发送邮件
- a 当作业被批处理系统中断时，发送邮件
- b 当作业开始执行时，发送邮件
- e 当作业执行结束时，发送邮件
-o: 指定标准输出文件
-e: 指定错误信息输出文件

echo "cmd" | qsub

使用echo命令直接将要执行的命令传递给qsub进行任务投递
echo "bash submit.sh" | qsub

将要执行的命令写进文件，文件类型只要是可执行文件就行，并在文件前面说明用什么来读取文件，比如bash、Rscript、python等

另外``qsub`的参数信息也可以写在要执行的文件里，如：

# bin/bash
#$ -V
#$ -cwd
#$ -l vf=25G
#$ -m n -cwd -pe smp 8
#$ -N hahaha

echo "Hellow world!"