我之前在2021年写过上传数据到GEO数据库获得GEO号，那时候使用ncftpput上传数据，这次我也有数据需要上传，也是打算用这个代码，然后我发现好慢啊，我从0712开始上传，然后就一直到0719还没完成，我无语了，真的是浪费时间，好吧，一查原来是有更快的工具，我自己蠢~
那就是lftp，那就记录下啦
GEO 中其实提及到了这个
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submissionftp.html

image.png

1. 安装lftp

conda create -n ftp
conda activate ftp
conda install -c conda-forge lftp
lftp --version

安装lftp

2.上传数据

使用大佬的代码

image.png

#!/bin/bash

#set -x
set -e
set -u

usage()
{
cat <<EOF >&2
${txtcyn}
Usage:

$0 options${txtrst}

${bldblu}Function${txtrst}:

This script is used to upload files to an FTP server using lftp.

${txtbld}OPTIONS${txtrst}:
    -f  FTP address ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
    -u  User name ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
    -p  Password ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
    -t  Target dir ${bldred}[NECESSARY, for GEO in format like
        <fasp/GEO_metadata_zhaohui>]${txtrst}
    -s  Source dir ${bldred}[NECESSARY, default current directory]${txtrst}
    -r  Send success information to given email.
        ${bldred}[OPTIONAL, default chentong_biology@163.com]${txtrst}
EOF
}

ftp=
user=
passwd=
target=
source_dir="."
email="chentong_biology@163.com"

while getopts "hf:u:p:t:s:r:" OPTION
do
    case $OPTION in
        h)
            usage
            exit 1
            ;;
        f)
            ftp=$OPTARG
            ;;
        u)
            user=$OPTARG
            ;;
        p)
            passwd=$OPTARG
            ;;
        t)
            target=$OPTARG
            ;;
        s)
            source_dir=$OPTARG
            ;;
        r)
            email=$OPTARG
            ;;
        ?)
            usage
            exit 1
            ;;
    esac
done

if [ -z $ftp ]; then
    usage
    exit 1
fi

cat <<END >lftp.script
open -u ${user},${passwd} ${ftp}
mkdir -p ${target}
cd ${target}
cache size 33554432
set cmd:parallel 10
mput -c ${source_dir}/*
END

lftp -f lftp.script

上传所使用的代码

nohup bash GEO_upload.sh -f ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov -u geoftp -p $password -t ./uploads/***_AtWh8SUu/submission_Jul_19 -s $local_dir &