2022年最新6.9分二区单基因泛癌+表达验证，好的基因不怕发不
大家好，今天要和大家分享的是2022年2月发表的一篇文章：“GIMAP7 as a Potential Predictive Marker for Pan-Cancer Prognosis and Immunotherapy Efficacy”。GIMAP是一种免疫相关蛋白GTP酶。在这项研究中，作者全面分析了GIMAP7在泛癌中的表达情况，包括在不同肿瘤类型和分期中的差异基因表达分析、蛋白相关性分析、通路分析和预后分析。此外，作者还通过TIMER数据库比较了GIMAP7表达与免疫浸润细胞和免疫调节因子之间的相关性。结果表明，GIMAP7可能是一种有效的预后生物标志物，并且与免疫机制密切相关，可作为泛癌预后和免疫治疗的潜在标志物。
发表杂志：J Inflamm Res.影响因子：6.9
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研究背景
癌症被预计将成为21世纪全球死亡最主要的原因，深入探索泛癌相关基因的表达并评估其预后对临床治疗至关重要。GIMAP已被确定为免疫相关蛋白GTP酶，在免疫机制中发挥关键作用。GIMAP mRNAs主要在脾脏和淋巴系统中表达，GIMAP7主要存在于淋巴细胞的内质网和高尔基体中。关于GIMAP与个体癌症和疾病关联的研究已将GIMAP家族确定为多种癌症的潜在诊断和预后生物标志物。
流程图
GIMAP7在泛癌中的表达
下图A：通过Oncomine数据库对泛癌中GIMAP7表达的评估表明，GIMAP7在大多数肿瘤中低表达，但是在脑和中枢神经系统癌和食道癌中高表达。
下图B：通过TCGA数据库中癌症和癌旁样本的GIMAP7差异表达分析表明，GIMAP7在癌组织中的表达显著低于癌旁组织，但是在GBM、LGG和KIRC中的表达显著升高。
下图C：由于TCGA中正常样本数量较少，将GTEx数据库中的正常组织数据与TCGA肿瘤组织数据整合后，差异分析结果显示，GIMAP7在11种肿瘤类型中低表达，但是在OV、GBM、TGCT、LAML、PAAD、LIHC、STAD和SKCM中高表达。
GIMAP7表达与肿瘤分期
下图：对GIMAP7在不同癌症阶段的表达进行评估发现，GIMAP7的表达在HNSC，KIRC、TGCT和THCA晚期显著降低。
GIMAP7蛋白水平分析
下图A-F：使用HPA数据库探索不同肿瘤中GIMAP7的蛋白质水平，其中GIMAP7在膀胱癌、肺癌和结直肠癌中的表达水平下降。
下图A-D：对配对的乳腺癌和膀胱癌患者进行免疫组织化学统计分析，结果显示GIMAP7在乳腺癌和膀胱癌中的表达显著降低。
GIMAP7预后分析
下图A：总生存期（OS）结果表明，GIMAP7高表达与BLCA、BRCA、CESC、HNSC、KIRC、LIHC、LUAD、OV、SARC、和PAAD的更好预后显著相关。
下图B：DSS（疾病特异性生存期）结果表明，GIMAP7高表达与32种肿瘤中的15种的更好预后显著相关。
下图C：PFS（无进展生存期）结果表明，GIMAP7高表达与32种肿瘤中的20种具有更好预后显著相关。
富集分析
下图A、C：GIMAP7高表达富集在与细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路和自然杀伤细胞介导的细胞毒性相关通路中。
下图B、D：GIMAP7低表达富集在氧化磷酸化、乙醛酸和二羧酸代谢以及糖基磷脂生物合成等途径中。
GIMAP7与免疫浸润
下图A-B：将不同肿瘤类型中免疫细胞、CD8+T细胞和CD4+T细胞以及GIMAP7的丰度关联起来，发现GIMAP7与大多数肿瘤中的CD8+和CD4+T细胞浸润呈正相关。
下图C：为了解泛癌中免疫细胞与GIMAP7的关系，作者计算了22种免疫细胞的丰度，发现GIMAP7与CD8+T细胞、M1和M2巨噬细胞呈显著正相关。
GIMAP7与免疫调节和趋化因子
下图A：GIMAP7表达与CD48、CD40LG和CD28呈正相关，与CD276和TNFSF9呈负相关。GIMAP7和CD276之间的负相关在BRCA、LUAD、LUSC和THCA中最为明显。此外，与LUAD中的TNFSF9相比，GIMAP7在STAD和TGCT中与ULBP1的相关性更显著。
下图B：在大多数肿瘤中，GIMAP7表达与TIGIT和CD96显著正相关，但在PRAD中与PVRL2显著负相关。
下图C-D：作为趋化因子的CCL5和XCL2与大多数癌症中的GIMAP7表达呈显著正相关。此外，CCR2、CXR1、CCR5等趋化因子受体与GIMAP7表达显著正相关。
GIMAP7与免疫检查点抑制剂(ICB)
下图A：通过分析IMvigor210的数据，验证了GIMAP7表达与ICB反应之间的相关性。不同ICB疗效患者的GIMAP7表达存在显著差异，其中具有高GIMAP7表达的患者可能是ICB治疗的潜在有益人群。
下图B：TIDE评分是目前最有希望的ICB反应标志物。在所有分析的肿瘤中观察到GIMAP7表达和TIDE评分之间存在显著负相关。这表明GIMAP7表达与ICB反应相关，可能是ICB治疗的潜在标志物。
小结：
这项研究利用多个数据库分析了GIMAP7在不同肿瘤类型和阶段的基因和蛋白表达，并通过Kaplan-Meier和Cox回归分析评估了GIMAP7的预后价值。随后，作者通过富集分析研究受GIMAP7影响的通路，并使用TIMER数据库和CIBERSORT算法确定GIMAP7表达与免疫浸润和免疫调节剂之间的相关性。分析结果表明，GIMAP7是大多数癌症的保护因子，是一种很有前途的抗癌基因，主要参与抗肿瘤免疫相关通路。
