生信菜鸟团——专题学习目录 2017-11-01 本文已影响146人 王诗翔 之前有简单整理生信菜鸟团最近发布的测序平台、质量控制等文章链接，今天生信菜鸟团的小编也已经把最近发布的推文整理成目录了，这里我记录一下，方便有需要的朋友检索和学习。如果以后再推出相关专题目录，我也在这里更新吧。大家有急切学习需求的可以关注公众号。 数据库专题 一文看懂NCBI的refseq 浅谈Entrez ID 带你认识GEO数据库 NCBI数据库专题之Taxonomy 基础数据库之dbSNP pubmed OMIM数据库 Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 数据库的异同 基础概念专题 浅谈RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别 二代测序的barcode/index De Novo sequencing vs resequencing 浅谈FastQ和FastA格式 NGS基础概念-depth and coverage 名词package paired-end Reads 中心法则专题 中心法则-DNA 中心法则-RNA 中心法则-蛋白质 DNA复制 NGS与转录 中心法则之翻译 逆转录 测序平台专题 1.Sanger测序 2.illumina测序 3.罗氏454测序 4.SOLiD测序 5.Ion Torrent测序 6.pacbio测序 7.纳米孔测序 数据格式专题 1.FastQ和FastA格式 2.SAM格式 3.gff/gtf格式 4.Bigwig/Wiggle格式 5.bed格式 6.vcf格式 7.Blast&Blat 测序数据质量控制专题 1.测序数据质量控制之FastQC 2.测序数据质量控制之cutadapt 3.测序数据质量控制之sickle 4.测序数据质量控制之Trimmomatic 5.测序数据质量控制之fastx Toolkit 6.测序数据质量控制之RSeQC 7.测序数据质量控制之CHIPQC 组学专题 转录组学 表观基因组学 蛋白质组学 微生物组学 变异形式专题 参考基因组 基因结构 SNP多态性 SNV CNV
