R包小抄的介绍：

R包都有自己的说明书（cheatsheet），俗称小抄。在对包有了一定的了解后，小抄是一个很好的学习操作指南，但是对于新手来说，很有可能完全看不懂。今天的教程有一部分参照了小抄，并作出了通俗的解释。相信跟着教程走下去，就可以学个七七八八，跟着练练，然后自己研究一下小抄，一个R包就学个差不多啦。

准备工作part1：学会获取一个R包的小抄

方法1：去百度/谷歌XX小抄
方法2：找Rstudio的cheatsheet网站（网速好慢的）
https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
方法3：到生信星球公众号回复相应的包名来获取

准备工作part2：初步了解tidyr

它的功能主要有：
（1）数据框的变形
（2）处理数据框中的空值
（3）根据一个表格衍生出其他表格
（4）实现行或列的分割和合并
　　这个包是把你要用的数据处理成标准而统一的数据框（Tidy Data，），才能进行进一步的数据处理和作图。

准备工作part3--学习极简安装R包：

1.下载和安装tydir：install.packages("tidyr")
2.在控制台输入：library(tidyr)加载

准备工作part4：数据框的小常识
1.新建数据框(这里直接把新建的数据框赋值给了a)
a<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
新建一个数据框并赋值给bioplanet这个变量（赋值符号<-还记得嘛）括号里是“列名”=列值，这里列名要加双引号。这里涉及的几个给列填充数值的函数有
rep，重复，括号中填要重复的字符和重复次数。
paste，连接两个字符串，括号要填两个代连接字符并指定分隔符（sep），没有分隔符就填sep=“”。
1：3表示从1到3。如需一列中需要填入三个无规律的数字，可以用向量c(1，3，4)，同样如果填的是字符串也需要加双引号，例如c("doudou","huahua","xiaoyu")。
2.了解概念：key-value--“键值对” ，表示一种对应关系。“键”和“值”都是列名，如SampleName和Expression的对应。
3.函数后面一般都要加括号，括号里第一个参数是都数据框名
4.字符串要加双引号（行名和列名也是字符串，但是可以不用加），其他单元格（姑且这么叫了）里出现的字符串要加。

准备工作part5：认识Tidy Data

这是一种组织表格数据的方式，提供了一种能够跨包使用的“统一”的数据格式。
什么叫“统一”：每个变量（variable）占一列，每个情况（case，姑且这么翻译）和观测值（observation）占一行。

tidyr包的应用

1.Reshape Data

gather：我就是刚才的魔法棒
spread：我能让tidy data一夜回到解放前。
输入数据（举例）：a<-data.frame(country=c("A","B","C"),1999=paste(c(0.7,37,212),"K"),2000=paste(c(2,80,213),"K"))
gather(a,X1999,X2000,key = "year",value = "cases") gather括号里的分别是：数据框名，需合并的列名（两个），合并后的key列名，value列名。
gather(a,"year","cases",X1999,X2000) #推荐的偷懒做法
gather(a,year,cases,-country) #-country的意思就是合并除country外剩下的列。
结果示例：

image.png

2.Handle Missing Values

三种处理方式：
(1).删除整行
(2).根据上下文（瞎）蒙一个
(3).同一列的空值填上同一个数。
X<-read.csv('doudou.txt')读取数据

drop_na()：有空值的，整行删除掉

括号里填数据框名，依据的列名（有空值那一列的列名）
如drop_na(X,X2)

fill()，根据上一行的数值填充上（好应付的感觉）

如fill(X,X2)

replace_na()，空值填进去特定的一个数值（还是在应付）

括号里填数据框名，要填的列名=要填的值
replace_na(X,list(X2=2))

3. Expand Tables

complete（把空值的位置补全）

image.png

expand

数据pin2<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
结果示例：

image.png

4.split cells(选修)

separate：按列分割
separate_rows：按行分割
unite：分割完了再合并回去
思维导图：

image.png