利用GEO2R进行表达基因差异分析

GEO2R作为GEO在线工具，可以用于表达基因的差异分析。前面介绍过GEO数据包括五种，Platforms、Samples、Series、Datasets和Profiles。GEO2R主要针对Series数据进行分析，但并不是所有的该数据均能使用GEO2R在线工具，如一些测序数据，这个时候“Analyze with GEO2R”按钮则变成灰色，不能使用。

我们以肺癌为例，在GEO Datasets中搜索“lung cacer”。根据概要选择自己要查询的结果。然后使用GEO2R在线工具。

下一步，定义组别，点击“Define group”，如定义“CT45A1”和“Control”，选择相应条目，再点击定义的组别。然后进行分析，分析结果如下。

结果按照P值由小到大排序。结果可以直接选中保存为TXT或者EXL格式，也可以点击“Download full table”对所有结果保存，用于后续分析。