都2020年了，我不允许你不会用phytozome数据库
嗨嗨，好久不见，太久没有更新啦。前几天和老师讨论实验的时候，他提到了这个数据库挺方便，之前只是听说过，没有研究过怎么用，回来之后我就仔细看了下，今天顺便记录一些基本操作哈。
首先，phytozome是一个收录了植物基因组的数据库和在线工具，注释信息、基因组数据的获取、可视化浏览都十分方便。
1.数据下载
作为一个数据库，其最最主要的功能就是提供 数据的下载 ，作为一个有原则的网站，phytozome要求你注册后才能下载它的数据，所以乖乖注册。
选择你需要的物种，以拟南芥为例，annotation 注释文件夹，assembly 组装文件夹。
我们比较常用的有这几种
不清楚这些文件是干啥的，请翻阅往期文章：
2.批量提取基因序列
选择物种应该不用多说，比较方便的是 keywords 部分可以输入基因功能，家族名称，某个结构域等等都可以，然后GO。
拖拽没找到的话也可以直接输入
选择感兴趣基因并加入购物车
查看购物车并进行下载
3.单个基因检索
主页Tools——Keywords search——选家族（可自行输入或点选下方树状图），输入关键词，GO。
前面的绿色图标就是这意思, JBrowse拼错了不好意思
于是我们先来看看基本信息，点G。
Go to gene view
1.Functional Annotation：根据Pfam数据库呈现出蛋白结构域等部分。
2.Genomic：该基因在基因组上的位置，可视化一下外显子内含子啥的。
3.Sequences：这一部分我个人觉得挺有用，UTR等位置都标注的很清楚。
4.Protein Homologs：同源蛋白，显示该蛋白在其他物种里的一些同源蛋白及其基本信息等，起码和NCBI比起来，这个网站速度快很多哈。
5.Gene Ancestry：基因进化相关信息等。
6.Expression：可以查看该基因收录在不同文献中的表达情况（expression），还可以查看与该基因呈现共表达情况的相关基因（coexpression），correlation则表示共表达程度，非常好用。
至于点击B，就可以直接看到基因可视化信息，如下图，放大缩小啥的自己多点点就明白了。
View in JBrowse
4.启动子序列的获取
在上一步的3.sequences中点开Genomic sequence，输入你需要的长度参数，可以直接获取上下游序列。
上下游序列直接展示在下框中
5.Blast查找同源基因或者检测引物特异性
可参考文章：论引物特异性的重要性，顺便带你看懂花花绿绿的结果，方法大同小异，相信你能搞定。
最后，如果没看明白本教程还可以直奔网课：植物基因组数据库Phytozome，讲的非常详细，五块钱，两人一起好像一块钱，买它买它买它（无利益关系，单纯推荐哈
