基因注释--Genesymbol转化为EntrezID

2020-03-18  本文已影响0人  淡水鱼Ada

基因的命名有很多种,常见的有GeneSymbol、ENSEMBLID、EntrezID等,为了在不同的基因命名方式之间快速转换,使用OrgDb。


image.png
library(org.Hs.eg.db)
hs <- org.Hs.eg.db
my.symbols <- c("ANKRD62P1-PARP4P3")
select(hs, 
       keys = my.symbols,
       columns = c("ENTREZID", "SYMBOL"),
       keytype = "SYMBOL")
#              SYMBOL ENTREZID
# 1 ANKRD62P1-PARP4P3    23783

参考:https://www.biostars.org/p/255657/

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