叶绿体基因组NCBI 数据上传
准备工作
小编最近在NCBI上传了好几次数据...想着可以把具体的上传步骤写下来，供大家参考。以下是叶绿体基因组的上传示例，大家可以瞅瞅~
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登录NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/， 依次点击“sign in to NCBI”——“See more 3rd party sign in options”——搜索“Microsoft live.com”。
sign in to NCBI
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See more 3rd party sign in options
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选择你登录的方式，小编使用的是“Microsoft live.com”
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登录账户
输入邮箱账号，点击“下一步”，稍后输入密码。
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3.点击上传数据：
点击“submit”
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点击“GenBank”目录下中间的“submit”
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点击“start Banklt Submission”，开始上传
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相关信息填写
上传任务概览，完成这几个部分的信息填写，即可上传成功！！
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01 Contact
填写联系人的相关信息，包括姓名 、学校 、学院、地址 、城市、所在地区/省份、 邮编以及邮箱等。
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02 Refrence
填写提供序列的作者姓名。
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03 Sequencing Technology
填写序列的以下信息：
请根据实际情况依次填写以下信息：（以下仅作示例填写）
测序平台、组装情况、组装软件、版本、样本名、覆盖率，填写完成点击“continue”；
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04 Nucleotide
请根据实际情况依次填写以下信息：（以下仅作示例填写）
- 选择序列发表的时间
- Molecule Type，分子类型：这里选择“Other genomic DNA”
- Topology，拓扑结果：这里选择“circle”
- 是否提交完整的细胞器基因组序列：因为我们提交的是叶绿体，所以这里选择“Yes”
- 上传序列文件：fasta文件（上一步选择“Yes”，如果选择“No”则无需上传）。需要在fasta 文件中的第一行加上拉丁文的物种名，格式如下：Seq1 [organism=genus species] （注意名称后面有一个空格）
填写完毕，继续进行下一步，点击“continue”。
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fasta文件格式示例
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**注意，如果不知道物种的拉丁文名称，可以按以下方式查找：
① 登录此网站https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/，查询物种的拉丁名；
② 点击“Nucleotide BLAST”；
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③ 在图中标红的方框内输入部分序列，点击“BLAST”
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④ 选择相似度最高的物种，如100%相似度，即可得到此物种的拉丁文名称
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05 Submission Category
选择投稿的类别，这里选择“Original”，点击进行下一步
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06 Source Modifiers
请根据实际情况填写（以下仅作示例展示）
- 选择源细胞器/位置信息：这里选“plastid：chloroplast”
- Source modifier 填的是“country”
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Value 填“china”
填完点击“continue”继续下一步。
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07 Feartures
这里需要上传tbl文件，需将gbf文件转为tbl文件。
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点击“选择文件”按钮选择文件，点击“Uplode File”上传。
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如何将gbk文件转换成tbl文件？
①使用在线转换工具，登录网站：
https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/GenBank2Sequin.html
②上传叶绿体的注释文件，填写以下信息：
Organism：物种的拉丁名
Molecule Type ：genomic DNA
Circle
Genetic Code：Standard
Location：chloroplast
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③下载.tbl文件
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上传tbl文件，上传之后你可能会遇到报错，可用notepad++查看错误并修正，然后再提交一次即可。
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该页面的下半部分有一个“continue”按钮，需要拖动鼠标往下找，点击此按钮进行下一步。
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08 Review and Correct
最后一步啦，就是查看检验你填的信息有没有问题，有问题的话还可以修改，确认无误之后，最后点击“Finish submission”提交，最后结果等邮件通知行了。
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如果你想查看你提交的记录和相关文件，重新登录提交页面，进去之后你就可以看到了
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END
