箱线图添加显著性差异标识

具有显著性标注的箱线图

有时候我们会看到如上图片，觉得挺好，但是如何实现呢？没有做的的时候，觉得挺难，但是真要做才发现没有那么困难？
其实做这样的图，目前R比较常用的包有两个，分别为：ggsignif和ggpubr，两者的用法大体差不多，有一些细微从差别，但是结果几乎一样。这里我用的是ggsignif，下面将介绍ggsignif的用法。

ggpubr示范结果

ggsignif安装：

两种安装方式：

• install.packages("ggsignif")
• devtools::install_github("const-ae/ggsignif")

统计方法与参数

统计方法

一般根据数据是否符合正态分布，选择合适的统计方法：

统计方法	适用情况
t.test()	比较两组(参数)
wilcox.test()	比较两组(非参数)
aov()或anova()	比较多组(参数)
kruskal.test()	比较多组(非参数)

参数

ggsignif包主要函数为：geom_signif()和stat_signif()，常用geom_signif()。
常用参数如下：

参数	说明示范
comparisons	list，设置需要比较的组，比如list(c("a","b"),c("a","c"))
test	上述统计方法，比如t.test()
test.args	test传入的参数
map_signif_level	布尔值，p值直接被当作注释或者以星号替代，比如c(""=0.001,""=0.01,""=0.05)
annotations	带有可选注释的字符向量，如果没有则被忽略
step_increase	不同组差异标注的间隔

所有参数

geom_signif(mapping = NULL, data = NULL, stat = "signif",
position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA,
inherit.aes = TRUE, comparisons = NULL, test = "wilcox.test",
test.args = NULL, annotations = NULL, map_signif_level = FALSE,
y_position = NULL, xmin = NULL, xmax = NULL, margin_top = 0.05,
step_increase = 0, tip_length = 0.03, size = 0.5, textsize = 3.88,
family = "", vjust = 0, ...)

ggsignif使用示范：

1. 测试数据集test

test测试数据集

test数据集两列，一列是基因表达量，一列是分组。

test数据的group列

2. 差异分析分组

compaired <- list(c("a", "b"),c("a","c"),c("a","d"))

3. 画图

ggplot(test,aes(group,exp,fill=group))+geom_boxplot(width=0.5)+theme(plot.title=element_text(size = 25),axis.text.x=element_text(size=15,angle=0),axis.text.y=element_text(size=15),axis.title.x=element_text(size = 23),axis.title.y=element_text(size = 23))+labs(x='Gene', y= 'Expression')+geom_signif(comparisons = compaired,step_increase = 0.1,map_signif_level = F,test = t.test)

结果图

4. 参考博客

神奇小工具丨ggplot绘图显著性添加工具---ggsignif